I

Для анализа был выбран мультидоменный белок пируваткиназа (1PKN). В этом белке при помощи сервиса CluD были обнаружены четыре устойчивых гидрофобных кластера, которые соответствуют функциональным доменам белка (соответственно классификациям CATH и SCOP): два ядра в одном домене, по одному — в других. То, что различные гидрофобные участки находятся в маленьких свёрхнутых участках, соединённых гидрофильными линкерами, не звучит удивительно. Соответствующая иллюстрация приведена ниже:

II

Дальше были проанализированы контакты белок-ДНК на примере комплекса рецептора витамина D и ДНК (1YNW). При помощи сервиса CluD в структуре комплекса были обнаружены гидрофобные взаимодействия между ДНК и белком (изображены на рисунке ниже). Гидрофобный кластер нашёлся всего один, и он обозначен жёлтым на рисунке ниже: