Эволюционная модель

Программы, с которыми мы работали:
msbar, emma, distmat, ednadist, ednaml

В этом задании я моделировал эволюцию одного гена (ген purR из Escherichia coli) по заданной скобочной структуре дерева

Графическая структура дерева

Скрипт UNIX для получения мутантных последовательностей при помощи программы msbar

msbar purr.seq purr2.seq -point 4 -count 923 -auto
msbar purr.seq purr3.seq -point 4 -count 308 -auto
msbar purr3.seq purr4.seq -point 4 -count 103 -auto
msbar purr3.seq purr5.seq -point 4 -count 205 -auto
msbar purr2.seq purra.seq -point 4 -count 718 -auto
msbar purr2.seq purrb.seq -point 4 -count 718 -auto
msbar purr4.seq purrc.seq -point 4 -count 513 -auto
msbar purr4.seq purrd.seq -point 4 -count 513 -auto
msbar purr5.seq purre.seq -point 4 -count 410 -auto
msbar purr5.seq purrf.seq -point 4 -count 410 -auto

Анализ модели

  1. Определение эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями
  2. Сравнение методов реконструкции деревьев