Создание выборки белков с одинаковыми функциями

Часть 1. Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей SwissProt release march 2004

Часть 2. Описание процедуры составления выборки

Поиск схожих по функции белков велся с помощью поисковой системы SRS на сервере Европейского института биоинформатики ( http://srs.ebi.ac.uk)


Поиск велся в БД Uniprot по полям Description и Species для организмов Escherichia coli, Pasteurella multocida и Yersinia pestis
При задании описания функции искомого белка как "HTH-type transcriptional repressor" обнаружилось 15 белков, из них 1-из Pasteurella sp.
При поиске по DE="purine nucleotide synthesis repressor" нашлось 3 белка; два-из Yersinia sp.
Поиск в царствах эукариот и архей результатов не дал, т. е. репрессоры синтеза данного типа (спираль-поворот-спираль) характерны только для бактериальных организмов.

Запросы SRS и результаты поиска гомологов PurR в других таксонах

Часть 3. Описание выборки

В выборку включены не все белки, найденные с помощью srs. При происке обнаружилось достаточно много белков с DE="HTH-type transcriptional regulator", я считаю их лишними. А поскольку я не смог составить толковый запрос SRS так, чтобы "регуляторы" не искались, то пришлось убирать их вручную. всего в объединенной выборке осталось 6 белков

Второй семестр

Главная страница