Второй семестр!
Программы, с которыми мы работали:
пакет EMBOSS: needle, water, matcher, emma;
а также поисковая система SRS, программы GeneDoc, blastp, PSI-BLAST
Чему я на самом деле научился за это веселое время:
Мало чему. Теперь я могу найти в любой белковой БД последовательности с интересующими меня свойствами с помошью поисковой системы SRS (http:\\srs.ebi.ac.uk),понимаю, что есть выравнивание (для пары последовательностей - локальное и глобальное, для многих - множественное) и умею с ними управляться, смутно понимаю, что такое матрица выравнивания и матрица переходных вероятностей и зачем они нужны. Не чужды мне и понятия паттерна, мотива, сайта и домена. А еще я могу гомологи данного белка искать с помощью BLAST (http:\\www.ncbi.nlm.nih.gov\blast). также я узнал о новых БД, в которых собрана информация о связи участка последовательности белка с его функцией (Prosite, PFAM, Interpro, ProDom и им подобные).
Сравнение аминокислотных последовательностей