идентификатор записи EMBL тип молекулы класс данных раздел EMBL длина последовательности дата создания документа описание
X08035 genomic DNA STD PRO 3592 03-AUG-1988 E. coli pfl gene for pyruvate formate-lyase (EC 2.3.1.54)
U00096 genomic DNA STD PRO 4639675 23-FEB-2006 Escherichia coli K12 MG1655, complete genome.
AP009048 genomic DNA STD PRO 4646332 22-JAN-2006 Escherichia coli W3110 DNA, complete genome.
M26413 genomic DNA STD PRO 1431 23-NOV-1989 Escherichia coli ORF, complete CDS and pyruvate formate-lyase (pfl) gene, partial cds.


I II
ID записи X080352 M26413
Начало гена в записи 101 1393
Конец гена в записи 2383 >1431
Направление гена прямое прямое
C помощью команды seqret m26413.entret -sask я извлекла и сохранила в файле pflb_gene2.fasta последовательность m26413.

Для сравнения из другой последовательности (x08035) я вырезала участок со 101 по 139 нуклеотид (команда seqret x08035.entret -sask) в файл pflb_gene1.fasta.

В результате сравнения (needle pflb_gene1.fasta pflb_gene2.fasta pflb_gene1-pflb_gene2.needle -auto) я получила файл pflb_gene1-pflb_gene2.needle ,который показывает 100% совпадение. 

X08035             1 atgtccgagcttaatgaaaagttagccacagcctgggaa     39
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
M26413             1 atgtccgagcttaatgaaaagttagccacagcctgggaa     39


идентификатор записи EMBL тип молекулы класс данных раздел EMBL длина последовательности дата создания документа описание
L44140 genomic DNA STD HUM 219447 29-FEB-1996 Homo sapiens chromosome X region from filamin (FLN) gene to glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD) gene, complete cds's.

Ген на комплементарной цепи:
<-----[18984......19488]------[44952......45006]----

  • Общее число экзонов в гене - 48
  • Длина самого длинного интрона - 3144; самого короткого - 76.
  • Длина самого длинного экзона - 598; самого короткого - 24.

    (данные по всем кодирующим и некодирующим участкам гена находятся в файле intron-exon.xls )

    3 семестр
    на главную

    © Sandra