| Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка P09373_ECOLI: | Leu (лейцин) |
| соответствующий кодон: | 5'-CTT-3' |
| идеальный антикодон: | 5'-AAG-3' |
| Варианты различых тРНК для остатка L: | 6 UAA, CAA, AAG, GAG, UAG, CAG |
| Аннотированные в геноме кишечной палочки тРНК для остатка L: | 5 UAA, CAA, GAG, UAG, CAG (все, кроме идеального:) |
| название гена: | leuT |
| координаты гена в записи EMBL: | 3980629-3980715 |
| антикодон: | 5'-CAG-3' |
|
grep "'anticodon.*Leu' ecoli.embl >Leu+ecoli
сохраняет информацию о тРНК лейцина в файле Leu+ecoli seqret ecoli.embl -sask вырезает необходимую последовательность тРНК >U00096 U00096.2 Escherichia coli K12 MG1655, complete genome. gcgaaggtggcggaattggtagacgcgctagcttcaggtgttagtgtccttacggacgtg ggggttcaagtcccccccctcgcacca (3980629 - 3980715) в файл tRNA.fasta поиск по программам FastA, BLASTN, MegaBLAST и Discontigous MegaBLAST команда formatdb -i ss_genome.fasta -p F -n ss создает индексные файлы по геному Sulfolobus solfataricus команды: fasta35 trna.fasta ss_genome.fasta -o fasta.fasta blastall -p blastn -d ss -i trna.fasta -o blastn.fasta megablast -d ss -i trna.fasta -W 14 -o megablast.fasta megablast -d ss -i trna.fasta -t 16 -N 2 -W 11 -o dmegablast.fasta результаты ----------> Protocol4.doc |
| 3 семестр |
| на главную |