|
команда: fiber -a gatc-a.pdb (fiber -b gatc-b.pdb) выдает А-форму в файл gatc-a.pdb (B-форму в файл gatc-b.pdb) Изначально задаются два параметра: форма ДНК и выходной файл. Программа предлагает: |
| A-форма | B-форма | dna39.pdb | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | правая |
| Шаг спирали (A) | 28,02 | 33,74 | 33,72 |
| Число оснований на виток | 12 | 11 | 10 |
| Ширина большой бороздки | 9,62 |
20,58 G5А.P - Т23В.P |
18,51 U16A.P - C6A.P |
| Ширина малой бороздки | 18,49 T11A.P - A26B.P |
13,19 C28В.P - A10А.P |
12,56 C6A.P - C6A.P |
|
Предложенная структура ДНК представлена участком из 11-ти пар оснований,
в котором полный виток составляет 10 пар. Чтобы определить ее форму,
сравним ее характеристики с уже известными нам формами ДНК (A и B),
используя полученные данные из таблицы. Начнем с того, что все структуры имеют правые спирали (т.е. закручены по часовой стрелке). На каждый виток (360*) спирали А-формы приходится 12 пар оснований, В-формы - 11, что, однако, мало информативно для определения формы исследуемой ДНК (в ней на виток приходится 10 пар). Заметим, что значение шага спирали 39-ДНК ближе к В-ДНК (33,74 и 33,72 соответственно), нежели к А-ДНК (28,02). Кроме того, у 39-ДНК (как и у В-ДНК) ширина большой бороздки превосходит ширину малой, у А-ДНК - наоборот. Если посмотреть на все три структуры с торца, можно заметить, что внутри А-спирали имеется отверстие, в то время как 39-я и В-спираль таким отверстием не обладают. Вышеперечисленное дает основания предполагать, что 39-ДНК имеет, скорее, В-форму. |
|
команда: find_pair -t gatc-a.pdb a-dna.txt (gatc-b.pdb)
выдает кучу данных о структуре А(В)-спирали в кучу разных файлов: (ref-fremes.dat описывает взаимодействия между парами; hel-regions.pdb описывает каждый атом структуры; col-helices.scr помогает создать скрипт для изображения цепи А; col-chains.scr скрипт для цепей А и В; bp_order.dat данные о каждой из 16-ти пар; bestpairs.pdb то же с описанием всех атомов)... Pезультаты, полученные с помощью этой программы, находятся в файле a-dna.txt ( b-dna.txt) Согласно данным, выведенным в эти файлы, каждая структура - двойная альфа-спираль, состоящая из 16 пар оснований, не имеющая неканонических (не-Уотсон-Криковских) пар. Файл, созданный для 39-ДНК, отличается только тем, что количество пар оснований - 12. (find_pair -t dna39.pdb 39-dna.txt). Другая команда: find_pair -t gatc-a.pdb stdout | analyse (gatc-b.pdb; dna39.pdb ) выдает еще больше файлов. Информацию об интересующих меня торсионных углах я нашла в gatc-a.out, gatc-b.out и dna39.out. А именно: после одинаковых для каждого из трех файлов строк Main chain and chi torsion angles: Note: alpha: O3'(i-1)-P-O5'-C5' beta: P-O5'-C5'-C4' gamma: O5'-C5'-C4'-C3' delta: C5'-C4'-C3'-O3' epsilon: C4'-C3'-O3'-P(i+1) zeta: C3'-O3'-P(i+1)-O5'(i+1) chi for pyrimidines(Y): O4'-C1'-N1-C2 chi for purines(R): O4'-C1'-N9-C4 выводились значения перечисленных углов для каждого атома и I и II цепи. Следует заметить, что значения углов для всех (за небольшим исключением) нуклеотидов А- и В-форм ДНК остаются постоянными, причем одинаковыми для обеих цепей - такими, что можно составить таблицу, отражающую значения углов всей структуры:
Т.е., для А- и В-форм ДНК характерны постоянные значения углов. Чего не скажешь о структуре ДНК39: здесь значения различны как для каждой цепи, так и для каждого нуклеотида разных цепей. Значения торсионных углов для каждой из трех структур можно найти в файле Torsion.xls |
| dna39 | A-форма | B-форма | |
| вид сверху | |
|
|
| вид сбоку | |
|
|
|
команда pdb2img -bcu dna39.pdb dna39.ps
изображение структуры в стопочной модели (вид сверху) разворачиваем с помощью rotate_mol -b dna39.pdb 39-rot.pdb --------> pdb2img -bcu 39-rot.pdb 39-rot.ps (вид сбоку) команда pdb2img -bcu gatc-b.pdb gatc-b.ps изображение структуры в стопочной модели (вид сверху) разворачиваем с помощью rotate_mol -b gatc-b.pdb b-rot.pdb --------> pdb2img -bcu b-rot.pdb b-rot.ps (вид сбоку) команда pdb2img -bcu gatc-a.pdb gatc-a.ps изображение структуры в стопочной модели (вид сверху) разворачиваем с помощью rotate_mol -b gatc-a.pdb a-rot.pdb --------> pdb2img -bcu a-rot.pdb a-rot.ps (вид сбоку) |
| 3 семестр |
| на главную |