Учебный сайт Саши Якушевой |
||||
Первый семестр |
||||
Главная |
Семестры |
Обо мне |
Ссылки |
|
|
Бактерия Thermanaerovibrio acidaminovorans штамм DSM 6589 Разбор скрипта на языке Python Описание генома бактерии Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589 Ссылка на мой отчет по белку и бактерииВыданный мне организм относится к роду Thermanaerovibrio, виду acidaminovorans и штамму DSM
6589. Идентификатор записи генома данного организма: NC_013522. Этот прокариот относится к царству бактерий.
Микрофотография данной культуры:
Рис. 1 Микрофотография культуры Thermanaerovibrio acidaminovorans штамм DSM 6589. Источник - сайт BacMap Genome Atlas ( http://bacmap.wishartlab.com/organisms/1002) Геном этой бактерии содержит 1 848 474 пары нуклеотидов. Всего в нем 1 821 ген, и 1 730 из них кодируют белки. АТФ-синтаза - комплекс из нескольких белковых субъединиц. Вместе они выполняют функцию синтеза АТФ из АДФ и неорганического фосфата. Упрощенно, это происходит за счет пропускания положительно заряженных ионов через мембрану по градиенту концентрации, еще используется разности потенциалов на мембране. Так как белки, входящие в АТФ-синтазу, необходимы клетке вместе, то целесообразно располагать их рядом в геноме. Поэтому, такие белки образуют оперон. У Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM в такой оперон входит 9 генов. Они сходны по функциям (кроме одного, продукт которого не представлен в базе данных NCBI), расположены довольно близко на одной (комплементарной цепи). Я не могу сказать точно, к какому типу относится АТФ-синтаза этой бактерии, так как в продуктах упоминает V-тип, а также F0 – синтаза. Но АТФ-синтаза типа VOV1 встречается преимущественно у архей и в вакуолях растений. Поэтому, скорее всего она относится типу FOF1. Расположение генов в этом опероне представлено на рисунке 3. Краткая характеристика генов этого оперона – в таблице 2. 
Рис. 3. Оперон генов, кодирующих АТФ-синтазу. Рисунок получен при помощи базы данных NCBI. © Саша Якушева, 2013
|
