Знакомство с банком UniProt.
Цель данного практикума: получение навыков работы с банком UniProt (таких как извлечение необходимых данных). В качестве отчёта: предоставление данных о Бета субъединице ацетофенон карбоксилазы из генома бактерии Aromatoleum aromaticum EbN1.
Поиск белка в банке UniProt.
С помощью базы UniProt были получены основные данные о белке. Результаты приведены в таблице 1.
| UniProt ID | UniProt AC | RefSeq ID | PDB ID | Длина белка (а.о.) | Молекулярная масса (Да) | Рекомендуемое название |
|---|---|---|---|---|---|---|
| APCB_AROAE | Q5P5G3 | WP_011237169.1 | 5L9W | 129 | 14993 | Acetophenone carboxylase beta subunit |
В UniProt представлена основная информация о белке, включая имя организма, которому принадлежит данный белок, функции, данные о взаимодействиях, структуру с PDB апплетом, последовательность и т.д.
Поиск белка APCB_AROAE в UniRef
С помощью базы UniProt были найдены кластеры белка UniRef50, UniRef90 и UniRef100.
| Раздел UniRef | ID кластера | Название кластера | Размер кластера |
|---|---|---|---|
| UniRef100 | UniRef100_Q5P5G3 | Acetophenone carboxylase beta subunit (100%) | 1 |
| UniRef90 | UniRef90_Q5P5G3 | Acetophenone carboxylase beta subunit (90%) | 1 |
| UniRef50 | UniRef50_Q5P5G3 | Acetophenone carboxylase beta subunit (50%) | 6 |
UniRef 100 объединяет идентичные последовательности и субфрагменты с 11 или более
остатками из любого организма в одну запись UniRef.
UniRef 90 создается путем кластеризации последовательностей UniRef100 таким образом,
что каждый кластер состоит из последовательностей, которые имеют по меньшей мере 90%
идентичности последовательностей и 80% перекрываются с самой длинной
последовательностью (например, начальная последовательность).
UniRef50 создается путем кластеризации начальных последовательностей UniRef90, которые
имеют по меньшей мере 50% идентичности и 80% перекрываются с самой длинной
последовательностью в кластере.
Сеансы поиска в UniProt
Для знакомства с возможностями поиска в UniProt был проведён ряд запросов.
Поиск по рекомендованному названию белка.
Текст запроса: «name:"acetophenone carboxylase beta subunit"»
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 9
Поиск по тому же названию среди белков своего организма
Текст запроса: «name:"acetophenone carboxylase beta subunit" organism:"aromatoleum aromaticum"»
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же семейства
Текст запроса: «name:"acetophenone carboxylase beta subunit" taxonomy:rhodocyclaceae»
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же отдела
Текст запроса: «name:"acetophenone carboxylase beta subunit" taxonomy:proteobacteria»
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 3
Поиск альбуминов
Поиск альбуминов без ограничения на организмы
Текст запроса: «name:albumin»
Количество находок в Swiss-Prot: 77
Общее количество находок: 1043
Поиск альбуминов у грибов
Текст запроса: «name:albumin taxonomy:fungi»
Количество находок в Swiss-Prot: 0
Общее количество находок: 2
Поиск альбуминов у позвоночных животных
Текст запроса: «name:albumin taxonomy:vertebrata»
Количество находок в Swiss-Prot: 43
Общее количество находок: 440
Поиск трипсинов
Поиск по слову "трипсин"
Текст запроса: «name:trypsin»
Количество находок в Swiss-Prot: 312
Общее количество находок: 23018
Поиск трипсинов, исключая их ингибиторы
Текст запроса: «name:trypsin NOT inhibitor»
Количество находок в Swiss-Prot: 95
Общее количество находок: 18204
Поиск различий в записях UniProt и RefSeq Protein
Были найдены записи о Бета субъединице ацетофенон карбоксилазы в UniProt и RefSeq Protein, а также проведено их сравнение с целью выявления схожести и отличий.
В UniProt последовательность белка записана с отступом через каждые 10 символов,
переносом строки через каждые 50 и нумерацией каждой 10й аминокислоты.
В RefSeq последовательность белка записана с отступом через каждые 10 символов,
переносом строки через каждые 60 и нумерацией каждой (60n+1)ой (где n=0,1,2...) аминоксилоты.
История изменений записи UniProt.
Для выявления измений с течением времени была просмотрена история записей белка.
Ключевые моменты:.
- 4 января 2005 года была создана запись в TrEMBL и присвоено имя Q5P5G3.
- 1 февраля 2005 г. имя было изменено на Q5P5G3_AZOSE.
- 11 января 2011 г. имя было изменено на Q5P5G3_AROAE.
- 5 сентября 2012 г. запись была добавлена в Swiss-Prot, а имя изменено на APCB_AROAE.
Всего измененй в записи было 67.