Главная страница третьего семестра

Банк EMBL

Сравнение разных записей в EMBL

В документе SwissProt, описывающем белок aroG_ECOLI были найдены три ссылки на банк EMBL, с помощью которых составлена таблица
Идентификатор записи EMBL Тип молекулы
Класс данных
Раздел EMBL
 Дата создания
документа
Описание
Длина последовательности
U00096 genomic DNA STD PRO 23-FEB-2006 Escherichia coli K12 MG1655, complete genome 4639675
AP009048 genomic DNA STD PRO 22-JAN-2006 Escherichia coli W3110 DNA, complete genome 4646332
J01591 genomic DNA STD PRO 02-JUL-1986 E.coli aroG gene coding for DAHP synthetase (phenylalanine repressible). 2107

При сравнении записей становится понятно, что первые две записи описывают полный геном кишечной палочки разных штаммов, а последняя только саму последовательность, кодирующую белок.

Описание гена Escherichia coli в записи банка EMBL.

  I II
ID записи J01591; SV 1; linear; genomic DNA; STD; PRO; 2107 BP U00096; SV 2; circular; genomic DNA; STD; PRO; 4639675 BP
Начало гена в записи 507 784856
Конец гена в записи 1559 785908
Направление гена Прямое Прямое
Примечания*    

Выравнивание этих последовательностей выявило их 100%-ную идентичность.

Запись гена из эукариотического генома.

Схема структуры транслируемых участков гена 16pHQG;4 в геноме человека.

--[43990..44058]--..--[47086..47143]-->

В гене 5 экзонов.

©Надя Шашина