Давление отбора на ген белка aroG

Были взяты файлы с последовательностями белка AroG_ecoli и его гена. С помощью программы blastp были найдены его гомологи в организме Yersinia pestis (чумная палочка) и выбран один из них c ID 86%. Были созданы также текстовые файлы с последовательностями гипотетического ортолога и его гена. Затем построены попарные белковое и нуклеотидное выравнивания с помощью программы needle с параметрами по умолчанию. Значение ID в белковом выравнивании осталось таким же, а в нуклеотидном оно оказалось меньше - 77,4%, но нуклеотидное выравнивание не соответствует белковому: в белковом выравнивании не встречается ни одного гэпа, хотя встречаются несовпадающие аминокислоты, а в нуклеотидном выравнивании - 13 гэпов, при это происходит сдвиг рамки, т.к. число гэпов не делится на 3, поэтому выравнивание получается другое. Если оценить визуально это нуклеотидное выравнивание, становится понятно, что данные последовательности являются ортологами (выравнивание очень хорошее).

PAL2NAL

PAL2NAL - это программа, которая преобразует множественное выравнивае белков и соответствующих ДНК в покодонное выравнивание. Программа автоматически определяет соответствующие кодоны, даже если введенные последовательности ДНК имеют несоответствия с последовательностями белков. Также она может иметь дело со сдвигом рамки в предложенном выравнивании. В дальнейшем в получаенном покодонном выравнивании может быть посчитаны значения KA и KS.

С помощью этой программы было получено выравнивание с разбивкой на кодоны (формат выдачи codon with aminoacid). Очевидно большое сходство как между нуклеотидными последовательностями, так и между аминокислотными. Выравнивание от PAL2NAL, с одной стороны, менее наглядно, чем выравнивание от needle, но оно соответствует белковому выравниванию.

Чтобы получить значения KA и KS были изменены параметры Remove gaps, inframe stop codons и Output format.

KS = 1.6359

KA = 0.0876

KA/KS = 0.0535

Так как значение KA/KS меньше 1, можно сделать вывод, что отбор стабилизирующий.