| Номер задания | Команда | Функция | Результат |
|---|---|---|---|
| 1 | bedtools bamtofastq -i alignment_sort.bam -fq pr13task1.fastq | Перевод файлов из bam формата в fastq | Результирующий файл. |
| 2 | bedtools intersect -a marked.bed -b step1.bed -u|head -1| bedtools getfasta -fi chr4ref.fasta -bed stdin > pr13task2.fasta | Получение нуклеотидной последовательности первого покрытого чтением гена | Результирующий файл. |
| 3 | bedtools makewindows -g task3.genome -w 1000000 > pr13task3.bed | Деление хромосомы(информция о ее длине в файле с расширением genome) на фрагменты длиной 1 млн. п.о. | Файл с 192 фрагментами хромосомы длины 191154276 п.н. |
| 4 | bedtools cluster -s -i step1.bed > pr13task4.bed | Объединение прочтений в кластеры(с дополнительным требованием нахождения на одной цепи) | Результирующий файл. |
| 5 | bedtools random -g task3.genome -n 1000 -l 200 > pr13task5.bed | Выбор 1000 случайных участков хромосомы, каждый длиной 200 | Результирующий файл. |
Команды выполнялись в одну сессию с заключительным этапом анализа транскриптомов, поэтому bedtools можно вызывать напрямую из командной строки. Исходные файлы тоже происходят из 12 практикума.