С помощью программ einverted, Rna_Fold и find_pair была полученаинформация о вторичной структуре РНК на базе известной 3D-структуры либо последовательности оснований путем либо расчета минимальной свободной энергии либо нахождения комплиментарных участков.
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5'566-572 3' 7 пар |
5'65-69 3' 5 пар, 5 совпало |
5'65-71 3' 7 пар, все совпали |
| D-стебель | 5'522-525 3' 4 пары |
5'22-26 3' 5 пар, добавлена еще одна |
|
| T-стебель | 5' 561-565 3' 5 пар |
5'60-64 3' 5 пар, сдвинуты на 1 нуклеотид |
|
| Антикодоновый стебель | 5'527-531 3' 5 пар |
5'27-31 3' 5 пар совпадают |
|
| Общее число канонических пар нуклеотидов |
Программа RNAfold, использующая алгоритм Зукера, оказалась более эффективной в предсказании вторичной структуры тРНК, что показыают результаты сравнения ее деятельности с остальными двумя. Внизу представлено сгенерированое ей изображение.
Контакты ДНК с белком были рассмотрены в контексте структуры Т-домена, связанного с ДНК в момент транскрипции. Ниже просходит последовательное отображение комплекса полностью, проволочной модели ДНК, множества атомов кислорода 2'дезоксирибозы, не занятых в фосфоэфирных связях атомов кислорода остатков фосфорной кислот и атомов азота в составе азотистых основаниях.
В рассматриваемой структуре можно выделить следующие типы контактов: полярные - контакты между атомами O или N на расстоянии меньше 3.5 ангстрем; неполярные - контакты между неполярными атомами на расстоянии 4.5 ангстрем. Подсчет проводился с помощью последовательного вызова этапов скрипта в jmol вручную.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 10 | 33 | 43 |
| остатками фосфорной кислоты | 51 | 45 | 96 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 12 | 26 | 38 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 1 | 2 | 3 |
Популярная схема доступна для просмотра во вложенном файле pdf. Кликните здесь, если не отображается.
Наибольше количество контактов у находящегося со стороны 5'-конца цепи F остатка гистидина под номером 1146, но не один из них не является водородной связью.
Наиболее важным для распознования ДНК мне представляется глутамат в позиции 2253, так как он единственный, у которого водородная связь радикала направлена на атомы основания, в то время как у прочих либо просто контакт с основаниями, либо водородные связи с фосфатом.
