Определение таксономии и функции последовательности

Полученная в ходе исследования результатов капиллярного секвенирования последовательность была направлена на сравнение с другими последовательностями в базе данных с помощью нуклеотидного BLAST для установления таксономии и сравнения транслированных нуклеотидных последовательностей с известными белковыми последовательностями и другими транслированными нуклеотидными последовательностями.
В итоге, организм, к которому относиться последовательность - широко распространенная офиура Ophiopholis aculeata. Последовательность расположена в митохондрии и кодирует белок - первую субъединицу цитохром-оксидазы.

Сравнение алгоритмов

Эта же последовательность была использована для сравнения трех алгоритмов. В процессе были исключены все выдачи для организмов того же вида. Более подробно с результирующей статистикой алгоритма можно ознакомиться в представленных ниже csv файлах.

MEGABLAST	Файл
Discontinuous BLAST	Файл
Просто BLAST	Файл

Поиск гомологов

Внутри генома Amoeboaphelidium protococcarum были найдены ортологи клатрина из дрозофилы(важен для клеточного транспорта), фосфоглицерокиназы из пекарских дрожей(один из белков гликолиза), а также гомологи РНК-связывающего домена поли-А связывающего белка мыши.(процессинг РНК). Данные белки были выбраны так как они принадлежат к числу кодирующих центральные для эукариотической клетки функции.

Клатрин	Файл
Фосфоглицерокиназа	Файл
Поли-А связывающий белок	Файл

Поиск генов в геноме

В скэффолде 111 был найден ген субъединиц пируват-дегидрогеназы. С выдачей программы можно ознакомиться здесь.