Для задания я работал с белком с Uniprot ID P74325.
Его единственный домен S6PP (финальная стадия синтезас сахарозы, то есть гидролиз фосфоэфирной связи)
с ID PF05116.
Ссылка на список всех доменных архитектур.
Я выбрал архитектуру S6PP с 388 представителями (код А) и Sucrose_synth, Glycos_transf_1, S6PP (код B) с 270 представителями.
Домен Sucrose_synth участвует в синтезе сахарозы из D-фруктозы и активированной нуклеотиддифосфатом глюкозы.
Домен Glycos_transf_1 - вариант встречающихся в гликозилтрансферазах доменов.
Исследуемые таксоны - домен бактерий и царства протеобактерий (код P) и цианобактерий (код С).
Было проведено выравнивание отобранных белков с этими двумя доменными архитектурами из этих двух таксонов.
Задействованные материалы: электронная таблица и проект с выравниваниями.
Было построено дерево от выбранных белков методом наибольшего сходства. Ниже представленно полученое дерево. Его скобочная форма доступна по ссылке. По данному дереву понятно, что домен в сложном белке консервативнее, чем в одноменном, так как взаимодействия с другими доменами накладывают более сильный стабилизирующий отбор на структуру. Такие домены компактно выделяются по этой же причине(зеленым). Не наблюдается серьезного разделения по таксонам, причем его нельзя объяснить только горизонтальным переносом генов.