Вторичная структура тРНК была предсказана путём инвертированных повторов и алгоритмом Зукера. Сравнение результатов проводилось по результатам программы find_pair.

Параметры einverted: Gap - 12; Threshold - 10; Match - 3; Mismatch - -3.

В результате был найден акцепторный стебель тРНК.

Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера с помощью ViennaRNA:

Рисунок 1. Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера с помощью ViennaRNA.

В таблице произведено сравнение предсказанной и реальной вторичной структуры тРНК.

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	902-907, 966-971	902-907, 966-971	Предсказано 6/6 пар
D-стебель	910-912, 923-925	–	Предсказано 3/3 пар
T-стебель	949-953, 961-965	–	Предсказано 5/5 пар
Антикодоновый стебель	937-944, 926-933	–	Предсказано 5/8 пар
Общее число канонических пар нуклеотидов	19	6	20

Был задан НК-белковый комплекс 1Р47. Программой define JMol были заданы множества атомов кислорода 2'-дезоксирибозы, кислорода в остатке фосфорной кислоты и азота в азотистых основаниях.

Множества атомов

Последовательное изображение ДНК структуры:

Изображение ДНК

Примем атомы кислорода и азота - полярными, а атомы углерода, фосфора и серы - неполярными. Расстояние полярного контакта не менее 3.5Å, неполярного контакта - не менее 4.5Å.

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2′-дезоксирибозы	1	8	9
остатками фосфорной кислоты	11	10	21
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	14	19	33
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

Преобладают неполярные связи. Связи с остатками азотистых оснований преобладают со стороны большой бороздки.

ДНК-белок контакты визуализированы с помощью программы nucplot.

А/О с наибольшим количеством котактов с ДНК - Arg146, имеющий 2 связи с ДНК. По совместительству он и является наиболее важным для распознавания ДНК.

Визуализация при помощи PyMol: