Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
Для построения различных форм ДНК мы воспользовались пакетом программ 3DNA и функцией fiber.
A-ДНКB-ДНКZ-ДНК
Характеристики различных форм ДНК
Для сравнительного анализа была взята А-форма ДНК, 3v9d, основание Т7
Красным отмечены атомы большой бороздки, синим — малой.
В сторону большой обращены: C7, C5, C6, C4, O4
В сторону малой обращены: N3, C2, O2, N1
A
B
Z
Тип спирали
Правая
Правая
Левая
Шаг спирали Å
28.0
33.8
42.3
Число оснований на виток
11
10
12
Ширина большой бороздки
17.0 (A:A18-B:A26)
17.9 (A:C4-B:G33)
18.3 (A:C2-B:C20)
Ширина малой бороздки
8.0 (A:C12-B:T23)
11.7 (A:T7-B:A38)
8.7 (A:G7-B:G23)
Характеристики заданной структуры тРНК
Для исследования и анализа была задана структура 1O0B. Результаты были получены с помощью программ пакета 3DNA, а именно программы find_pair и analyze. Заданная структура тРНК обладает следующими характеристиками:
Торсионные углы
Значения торсионных углов были получены программой analyze и из файла 1O0B_old.out. Так как угол Delta C3 сахара в среднем 76–90°, угол ориентации оснований Chi 150–175°, углы alpha / beta / gamma ~60, 160–180, 40–60 соответственно, epsilon / zeta отрицательные и 60–100 соответственно, это указывает на форму, близкую к A-ДНК.
Структура и устройство водородных связей
Из того же файла 1O0B_old.out была извлечена информация о водородных связях в тРНК.
Стебли образованы парами: 1-11 и 971-961, 18-20 и 929-927, 22-24 и 925-923
Дополнительные пары для третичной структуры: 12 (U–A), 13 (U–G), 14 (A–U), 17 (C–G), 21 (C–A), 26 (A–U), 27 (G–C), не в составе стеблей.
Экстремальные площади перекрывания стэкинговых взаимодействий
Из файла Stacking.txt, который был мною создан на основе информации из файла 1O0B_old.out, были получены данные о площадях перекрывания для двух последовательных пар азотистых оснований. Были выбраны те пары оснований, где сумма площадей внутриспиральных и межцепочечных перекрытий превышала значение 10.
