Первые 3 дерева были случайно мной построены на основе митохондриальной тРНК, но последние 3 дерева точно построены по 12SrRNA. Также вид NOMGA был заменён на NOSIK, т.к. не имелось секвенированного митохондриального генома для 1 вида.
Рисунок 1. Филогенетическое дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям митохондриальной тРНК при помощи программы fastme эволюционной моделью
p-distance, алгоритм реконструкции - Minimum Evolution. Дерево было укоренено в таксон PONPY.
Укоренение во внешнюю группу
За внешнюю группу был взят Aotus trivirgatus (AOTTR), т.к. по видовому дереву эта группа всегда являлась внешней,и по сути является самой дальней от человекоподобных обезьян.
Рисунок 2. Филогенетическое дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям митохондриальной тРНК при помощи программы fastme эволюционной моделью
p-distance, алгоритм реконструкции - Minimum Evolution. Дерево было укоренено в таксон AOTTR.
Топология изменилась к более похожей на видовое дерево, однако всё ещё имеет отличия. Если в видовом дереве HUMAN и GORGO не имели общего предка,т.к. HUMAN в дальнейшем имел ещё общего предка с PANPA(PANTR) то в данном дереве GONGO и HUMAN произошли от общего предка.
Бутстреп
Рисунок 3. Филогенетическое дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям митохондриальной тРНК при помощи программы fastme эволюционной моделью
p-distance, алгоритм реконструкции - Minimum Evolution. Дерево было укоренено в таксон AOTTR. Реплик Bootstrep - 100.
Дерево не изменилось по своей топологии относительно предыдущего дерева. Однако на одной из ветвей, которая является эволюционно верной, поддержка составляет лишь 30. Видимо, низкая поддержка не обязательно обозначает неправильно реконструированную ветвь. Тем не менее, дерево всё ещё не совсем корректное, так как не учитывает общего предка GORGO как внешнюю ветвь от общего предка HUMAN и PANPA(PANTR)
Следующие деревья построены на основе выравнивания последовательностей 12SrRNA.
Рисунок 4. Филогенетическое дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям малой 12S рРНК при помощи программы fastme эволюционной моделью
p-distance, алгоритм реконструкции - Minimum Evolution. Дерево было укоренено в таксон AOTTR.
Рисунок 5. Филогенетическое дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям малой 12S рРНК при помощи программы fastme эволюционной моделью
p-distance, алгоритм реконструкции - Minimum Evolution. Дерево было укоренено в новую внешнюю группу Carlito syrichta (CARSF).
Рисунок 6. Филогенетическое дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям малой 12S рРНК при помощи программы fastme эволюционной моделью
p-distance, алгоритм реконструкции - Minimum Evolution. Дерево было укоренено в новую внешнюю группу Carlito syrichta (CARSF). Реплик бутстреп - 100.
