Практикум №3
Структура в целом

Тип макромолекул – белок, ферментативная функция – гидролаза (Hydrolase).

Рисунок 1. Строение макромолекулы

Имеется две цепи: А и В. Они идентичные по последовательности.

Согласно REMARK 350, в биологическую единицу входит и А и В цепи:

REMARK 350 BIOMOLECULE: 1

REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: DIMERIC

REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC

REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA

Во вторичной структуре преобладают бета-слои

Рисунок 2. Вторичная структура
Взаимодействия
Рисунок 3. Водородные связи в остове белка
Рисунок 4. Водородные связи между боковыми радикалами
Рисунок 5. Солевые мостики между разнозаряженными аминокислотами
Рисунок 6. Отсутсвтие сульфидных мостиков в структуре белка
Рисунок 7. Стэкинг P-P между ароматическими кольцами
Отдельные цепи

Макромолекула относится к BDELLOVIBRIO BACTERIOVORUS

Uniprot_id: Q6MPX4. Название - 8-oxo-dGTP diphosphatase

Функция – катализ реакции:

Рисунок 8. Реакция гидролиза

Информации о мутации относительно референса из Uniprot нет

В составе нет модифицированных аминокислотных остатков

Т.к. цепи А и В идентичны, смысла рассматривать вторую нет

Малые молекулы

В записи присутствуют малые молекулы GTP: Guanosine-5'-triphosphate (ГТФ) и MG: Magnesium ion (Магний)

Рисунок 9. Белковое окружение малой молекулы GTP

Ссылка на вырезку информации о малых молекулах

Судя по статье, они были добавлены искусственно для получения дополнительной информации о распознавании субстрата BdRppH путем совместной кристаллизации фермента в присутствии субстрата при рН 7 и последующего замачивания кристаллов в том же маточном растворе с добавлением 10 мМ Mg2+.(To gain additional insight into the recognition of substrate by BdRppH, the structure of the enzyme in complex with GTP (also referred to as Gppp) and Mg2+ was determined by cocrystallizing the enzyme in the presence of the substrate at pH 7, and then soaking the crystals in the same mother liquor supplemented with 10 mM Mg2+.)