При поиске эта-кристаллина по организму Слоновая землеройка(Elephantulus edwardii) в базе UniProtKB был получен
единственный результат (AC: Q28399), с названием Aldehyde dehydrogenase, cytosolic 1. Данная последовательность в формате fasta была подана на вход blastp,
база данных - swissprot, программа - PSI BLAST. Всего было проведено 4 итерации,
новых находок после последней итерации обнаружено не было.
При первой итерации было 618 находок, прошедших порог 0.005. Уже на этом этапе были найдены родственные белки - различные
дегидрогиназы, в том числе альдегидегидрогиназы. Также были найдены выравнивания с омега кристаллинами из организмов
Enteroctopus dofleini и Nototodarus sloanii. Остальные выравнивания содержали различные дегидрогиназы.
Рисунки 1-3. Выравнивания для PSSM, созданные на второй итерации.
На второй итерации было найдено уже 1137 последовательностей, PSSM было построено по большому количеству последовательностей,
первые 3 указаны на рисунках 1-3. Находки также представляют из себя различные дегидрогиназы.
Рисунки 4-6. Выравнивания для PSSM, созданные на третьей итерации.
На третьей итерации было найдено 1148 последовательностей. Такое же количество было найдено при 4 итерации, поэтому более
итераций не осуществлялось. Преимущественно в выдаче встречается альдегиддегидрогеназы, но также присутствуют ретинальдегидрогеназы,
бетаин альдегид дегидрогиназы, омега кристаллины и другие белки дегидрогиназы.
Получается, что предсказанный белок был предсказан верно, и Цитозольная альдегиддегидрогеназа (ALDH1) действительно может являться предком ню
кристаллина.
