Практикум №9
Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
S-adenosylmethionine synthase METK_ECOLI METK_BACSU 1262.5 62.8% 76.1% 18 7
Bifunctional protein FolD FOLD_ECOLI FOLD_BACSU 712.0 50.3% 64.6% 5 2
N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase NAGA_ECOLI NAGA_BACSU 404.5 29.9% 46.5% 26 10
Локальное парное выравнивание гомологичных белков
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
S-adenosylmethionine synthase METK_ECOLI METK_BACSU 1267.0 63.4% 76.3% 14 4 98.7% 98.2%
Bifunctional protein FolD FOLD_ECOLI FOLD_BACSU 719.0 52.2% 66.9% 1 1 96.5% 97.9%
N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase NAGA_ECOLI NAGA_BACSU 416.5 31.6% 48.9% 17 8 96.6% 94.4%
Комментарии к выравниваниям
По всей длине S-аденозинметионил-синтаза, видимо, является гомологичным белком у обоих организмов. Для второго белка, с двойной функцией, такое утверждать несколько сложнее, но, возможно, всё же можно. С последним белком, N-ацетилглюкозамин-6-фосфатдеацетилазой, думаю, такого утверждать нельзя, слишком малый процент идентичности. В локальном выравнивании разница в идентичности/схожести практически не меняется, и, в целом, оно получилось малоинформативным. Наверное, потому что организмы всё-таки более-менее близки.
Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам
Protein Name 1 Protein Name 2 ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
PTS system glucitol/sorbitol-specific EIIB component Ferric uptake regulation protein PTHB_ECOLI FUR_BACSU 8.0 6.8% 12.2% 270 8
Protein Name 1 Protein Name 2 ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
PTS system glucitol/sorbitol-specific EIIB component Ferric uptake regulation protein PTHB_ECOLI FUR_BACSU 35.0 30.8% 50.0% 12 4 16.3% 22.3%
Выравнивания неродственных белков не привели ни к каким значимым результатам.
Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview
Для множественного выравнивания взял мнемонику METK, т.к. по ней было лучшее выравнивание. В Swiss-Prot с такой мнемоникой нашлось 787 белков. Рекомендованное имя белка из ECOLI - S-adenosylmethionine synthase. Выравнивание проводилось через Muscle with Defaults, белки нашёл и импортировал их последовательности через Entry Name и ID белков.
Ссылка на проект Jalview
Были взяты организмы: Thermosynechococcus vestitus, Mycolicibacterium smegmatis, Escherichia coli, Drosophila melanogaster, Bacillus subtilis, Limosilactobacillus reuteri и Leishmania infantum. У дрозофиллы начало последовательности было длиннее на 23-24 аминокислоты относительно всех остальных. Однако, так или иначе, белки, если и имели какие-то одинаковые участки, то у всех организмов сразу. Гомологичность, по-моему мнению, здесь выраженная. Особо консервативные участки(номера колонок):30-61, 124-129, 152-157, 159-163, 198-206, 283-349, 358-363, 391-395, 419-427. Менее консервативные участки:1-24, 134-151, 210-221, 235-256, 376-382, 405-413, 407-413, 428-435, 440-459