Практикум 2. A- и В- формы ДНК. Структура РНК
Задание 1
С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК, одна из нитей которого имеет последовательность GATC. Они сохранены в файлах gatc-a.pdb, gatc-b.pdb, gatc-z.pdb.
Задание 2
Заданное мне основание - гуанин, для выполнения задания была выбрана B-форма ДНК
(gatc-b.pdb и
1BNA.pdb
с последовательностью CGCGAATTCGCG). В PyMOL были визуально определены
малая и большая бороздки (большая шире и глубже), после чего в PyMOL и ChemSketch
обозначены красным атомы гуанина, смотрящие в сторону большой бороздки, и синим –
в сторону малой
В сторону большой бороздки обращены атомы G4.N1, G4.C5, G4.C6, G4.O6, G4.N7, G4.C8
В сторону малой бороздки обращены атомы G4.C2, G4.N2, G4.N3, G4.C4, G4.N9
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.0 | 33.8 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 17.0 (A/DC`16 – B/DC`28) | 17.9 (A/DC`4 – B/DG`33) | 18.6 (A/DG`13 – B/DC`26) |
| Ширина малой бороздки | 8.0 (A/DT`7 – B/DC`28) | 11.7 (A/DC`12 – B/DG`33) | 9.9 (A/DG`19 – B/DC`26) |
