Все найденные для данной бактерии белки (таксономический поиск, taxonomy_id:320778), являются автоматически аннотированными, то есть относятся к базе данных TrEMBL. Существование на уровне транскрипта показано для трех белков (existence:2). Отмечу, что по параметру annotation score наиболее высоко оценнными являются те белки, существование которых вероятно по гомологии (21 белок). Также данные белки являлются активными (active:true).
Согласно источнику [1], Photobacterium ganghwense, в частоности штам С2.2, является биотехнологически перпесктивным видом благодаря наличию полного оперона phaCAB. Единственным аннотированным геном оперона для исследуемой бактерии является phaC, кодирующий синтазу PHA (A0A0J1K4W4). Несмотря на то, что данный белок является интересным с практической точки зрения, он не подходит для изучения в рамках практикума, поскольку плохо аннотирован (predicted, annotation score 1/5).
поисковые запросы:
В результате поиска представлено три белка, обладающих разной каталической активностью (приведены альтернативные названия):
Для анализа выбрана протеаза (ATP-dependent protease La), как белок с относительно высоким уровнем аннотированности и сайтом связывания АТФ.
Протеаза Lon, или АТФ-зависимая протеаза La - сериновая протеаза, избирательно вызывающая дегдрадацию мутантных и некоторых короткоживущих регуляторных белков, сопряженно с гидролизом АТФ. Участвует в поддержании клеточного гомеостаза и выживания клетки после повреждений ДНК, индуцированных стрессом (например, тепловым шоком).
Кластер UniRef90 содержит белки из организмов, принадлежащих общему таксону Vibrionaceae. Подавляющее большинство организмов относятся к роду Photobacterium, из чего можно сделать вывод, что домены протеазы Lon являются консервативными внутри рода.
Для расширенного поиска в базе Uniprot использовалась классификация ферментов для сериновой протеазы La, чтобы в целом оценить распрастраненность фермента. Среди бактерий данные ферменты нашлись почти в 64 тысячах записей. Среди них подтвержденные на белковом уровне только 19, а 8 из них проверены, то есть относятся к базе Swiss-Prot.
соответствующие поисковые запросы:
Среди таксона Photobacterium белок с названием протеаза Lon нашелся в 157 записях. Только в 44 записях указано, что белок имеет сайт связывания АТФ.
соответствующие поисковые запросы:
Для того чтобы узнать, какие протеазы помимо сериновых присутствуют у представителей рода Photobacterium, был проведен поиск по ключевым словам "Protease" и not "Serine protease". Поскольку в выдаче поиска получаются все найденные белки (количественно), а мне интересно посмотреть имеено типы протеаз (качественно), я скачала результат поиска в виде таблицы, содержащей только Protein Names, и удалила дубликаты. Получилось 438 протеаз, не являющихся сериновыми и связанных с ними веществ, например модуляторов (в силу специфики поиска по KW).
соответствующий поисковой запрос:
Источники: