| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Epoxyqueuosine reductase | QUEG_ECOLI | QUEG_BACSU | 457.0 | 26.1 | 44.9 | 85 | 13 |
| Mannonate dehydratase | UXUA_ECOLI | UXUA__BACSU | 609.0 | 35.5 | 52.2 | 63 | 13 |
| tRNA-specific adenosine deaminase | TADA_ECOLI | TADA_BACSU | 332.5 | 41.9 | 61.1 | 6 | 2 |
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Epoxyqueuosine reductase | QUEG_ECOLI | QUEG_BACSU | 465.0 | 27.3 | 46.9 | 71 | 11 | 97,9 | 96,4 |
| Mannonate dehydratase | UXUA_ECOLI | UXUA__BACSU | 613.5 | 37.0 | 54.3 | 46 | 11 | 97,5 | 96,1 |
| tRNA-specific adenosine deaminase | TADA_ECOLI | TADA_BACSU | 337.0 | 44.4 | 64.1 | 0 | 0 | 91,6 | 93,2 |
| Alignment algorithm | ID 1 | ID2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| needle | SYN_ECOLI | PURU_BACSU | 65.0 | 13.5 | 23.4 | 258 | 19 | - | |
| water | 67.0 | 19.4 | 33.8 | 98 | 16 | 64,4 | 98,0 | ||
Выравнивание неродственных белков в силу их разной длины влечет за собой отличающиеся покрытия. Высокая степень покрытия белка puru_bacsu обусловлена его меньшей длиной (длина всего выравнивания составляет 346 амк, отсюда высокое покрытие короткого белка). Для выравнивания неродственных белков характерен низкий вес (score) и обилие гэпов (50,4% в глобальном выравнивании). При использовании алгоритма локального выравнивания сопоставленными оказываются небольшие фрагменты (что также видно по большому числу инделей), выровненными оказываются лишь 117 амк (33,8%), что дает низкий вес выравнивания.
(а) Выбранная мнемоника - uxua, фермент маннонат дегидротаза (мannonate dehydratase). По запросу данной мнемоники нашлось 126 записей в Swiss-Prot, в том числе записи с мнемониками uxua1 и uxua2 для трех организмов, которые, вероятно, являются изоформами для данных бактерий. Для множественного выравнивания были выбраны белки, описанные для Brucella canis (UXUA_BRUC2), Yersinia pestis (UXUA_YERPE), Streptococcus pneumoniae (UXUA_STRP7), Cronobacter sakazakii (UXUA_CROS8), Streptococcus lactis (UXUA_LACLA).
(б) Построение множественного выравнивания проводилось с помощью алгоритма muscle на kodomo.
(в) проект Jalview
(г) Все семь белков являются гомологичными, поскольку выравнивание имеет большое количество консервативных участков. Однако сразу бросается в глаза
индель в шести из семи последовательностях на участке 57-61. Вероятно, в этом месте у п-ти uxua_bruc2 произошла вставка.
Также длинные индели на участках 160-188 и 353-361 наблюдаются у п-тей uxua_lacla, uxua_strp7 и uxua_bacsu, что свидетельствует о
большей степени сходства между ними по сравнению с остальными белками выборки. Судя по выравниванию, оставшиеся четыре последовательности также
имеют признаки гомологии между собой: наблюдаются короткие индели на одинаковых участках. Консервативные позиции, длиннее одной аминокислоты:
6-7, 70-71, 77-79, 108-113, 116-117, 189-191, 243-248, 253-256, 283-284, 366-368,
381-383.