практикум №1

Swiss-Prot, NCBI Taxonomy, Newick, iTOL

Филогенетические деревья

Товарищ! Ты дельфин, а не свинья!
Друг-кит, не позволяй сравнять себя с козою!

Целью данного практикума является построение филогенетического дерева животных, имеющих последовательности полноразмерных цитохромов B, на основе их систематического положения.

Выбор таксона и определение таксономии.

Для построения филогенетического дерева был выбран отряд Китопарнокопытных (Artiodactyla), как разнообразный таксон с интересной эволюцией.

**Таблица 1.** Выбранные животные, их таксономия и мнемоника.
Вид	Таксономия	Мнемоника
Pelea capreolus	Eumetazoa, Bilateria, Deuterostomia, Chordata, Craniata, Vertebrata, Gnathostomata, Teleostomi, Euteleostomi, Sarcopterygii, Dipnotetrapodomorpha, Tetrapoda, Amniota, Mammalia, Theria, Eutheria, Boreoeutheria, Laurasiatheria, Artiodactyla, Ruminantia, Pecora, Bovidae, Peleinae, Pelea	PELCP
Bos taurus	Eumetazoa, Bilateria, Deuterostomia, Chordata, Craniata, Vertebrata, Gnathostomata, Teleostomi, Euteleostomi, Sarcopterygii, Dipnotetrapodomorpha, Tetrapoda, Amniota, Mammalia, Theria, Eutheria, Boreoeutheria, Laurasiatheria, Artiodactyla, Ruminantia, Pecora, Bovidae, Bovinae, Bos	BOVIN
Bos sauveli	Eumetazoa, Bilateria, Deuterostomia, Chordata, Craniata, Vertebrata, Gnathostomata, Teleostomi, Euteleostomi, Sarcopterygii, Dipnotetrapodomorpha, Tetrapoda, Amniota, Mammalia, Theria, Eutheria, Boreoeutheria, Laurasiatheria, Artiodactyla, Ruminantia, Pecora, Bovidae, Bovinae, Bos	BOSSA
Hexaprotodon liberiensis	Eumetazoa, Bilateria, Deuterostomia, Chordata, Craniata, Vertebrata, Gnathostomata, Teleostomi, Euteleostomi, Sarcopterygii, Dipnotetrapodomorpha, Tetrapoda, Amniota, Mammalia, Theria, Eutheria, Boreoeutheria, Laurasiatheria, Artiodactyla, Whippomorpha, Ancodonta, Hippopotamidae, Hexaprotodon	HEXLI
Hippopotamus amphibius	Eumetazoa, Bilateria, Deuterostomia, Chordata, Craniata, Vertebrata, Gnathostomata, Teleostomi, Euteleostomi, Sarcopterygii, Dipnotetrapodomorpha, Tetrapoda, Amniota, Mammalia, Theria, Eutheria, Boreoeutheria, Laurasiatheria, Artiodactyla, Whippomorpha, Ancodonta, Hippopotamidae, Hippopotamus	HIPAM
Balaenoptera musculus	Eumetazoa, Bilateria, Deuterostomia, Chordata, Craniata, Vertebrata, Gnathostomata, Teleostomi, Euteleostomi, Sarcopterygii, Dipnotetrapodomorpha, Tetrapoda, Amniota, Mammalia, Theria, Eutheria, Boreoeutheria, Laurasiatheria, Artiodactyla, Whippomorpha, Cetacea, Mysticeti, Balaenopteridae, Balaenoptera	BALMU
Megaptera novaeangliae	Eumetazoa, Bilateria, Deuterostomia, Chordata, Craniata, Vertebrata, Gnathostomata, Teleostomi, Euteleostomi, Sarcopterygii, Dipnotetrapodomorpha, Tetrapoda, Amniota, Mammalia, Theria, Eutheria, Boreoeutheria, Laurasiatheria, Artiodactyla, Whippomorpha, Cetacea, Mysticeti, Balaenopteridae, Megaptera	MEGNO
Eschrichtius robustus	Eumetazoa, Bilateria, Deuterostomia, Chordata, Craniata, Vertebrata, Gnathostomata, Teleostomi, Euteleostomi, Sarcopterygii, Dipnotetrapodomorpha, Tetrapoda, Amniota, Mammalia, Theria, Eutheria, Boreoeutheria, Laurasiatheria, Artiodactyla, Whippomorpha, Cetacea, Mysticeti, Eschrichtiidae, Eschrichtius	ESCRO
Cephalorhynchus commersonii	Eumetazoa, Bilateria, Deuterostomia, Chordata, Craniata, Vertebrata, Gnathostomata, Teleostomi, Euteleostomi, Sarcopterygii, Dipnotetrapodomorpha, Tetrapoda, Amniota, Mammalia, Theria, Eutheria, Boreoeutheria, Laurasiatheria, Artiodactyla, Whippomorpha, Cetacea, Odontoceti, Delphinidae, Cephalorhynchus	CEPCM
Cephalorhynchus eutropia	Eumetazoa, Bilateria, Deuterostomia, Chordata, Craniata, Vertebrata, Gnathostomata, Teleostomi, Euteleostomi, Sarcopterygii, Dipnotetrapodomorpha, Tetrapoda, Amniota, Mammalia, Theria, Eutheria, Boreoeutheria, Laurasiatheria, Artiodactyla, Whippomorpha, Cetacea, Odontoceti, Delphinidae, Cephalorhynchus	CEPEU
Delphinapterus leucas	Eumetazoa, Bilateria, Deuterostomia, Chordata, Craniata, Vertebrata, Gnathostomata, Teleostomi, Euteleostomi, Sarcopterygii, Dipnotetrapodomorpha, Tetrapoda, Amniota, Mammalia, Theria, Eutheria, Boreoeutheria, Laurasiatheria, Artiodactyla, Whippomorpha, Cetacea, Odontoceti, Monodontidae, Delphinapterus	DELLE
Monodon monoceros	Eumetazoa, Bilateria, Deuterostomia, Chordata, Craniata, Vertebrata, Gnathostomata, Teleostomi, Euteleostomi, Sarcopterygii, Dipnotetrapodomorpha, Tetrapoda, Amniota, Mammalia, Theria, Eutheria, Boreoeutheria, Laurasiatheria, Artiodactyla, Whippomorpha, Cetacea, Odontoceti, Monodontidae, Monodon	MONMO

Скобочная формула дерева в формате Newick.

((PELCP,(BOVIN,BOSSA)), ((HEXLI,HIPAM), (((BALMU,MEGNO),ESCRO), ((CEPCM,CEPEU),(DELLE,MONMO)))));

Изображение дерева.

**Рис. 1.** Дерево для выбранных животных, отражающее таксономию.

Примечание: PELCP - косулья антилопа, BOVIN - корова, BOSSA - купрей, HEXLI - карликовый бегемот, HIPAM - обыкновенный бегемот, BALMU - синий кит, MEGNO - горбатый кит, ESCRO - серый кит, CEPCM - пестрый дельфин, CEPEU - черный дельфин, DELLE - белуха, MONMO - нарвал.

Источник эпиграфа