Продолжим рассмотрение выравнивания, полученного в практикуме 9:
Удалим из выравнивания еще одну последовательность: последовательность BOEDK9 представляется негомологичной всем прочим (например, в начале выравнивания из 5 последовательностей она имеет подряд несколько фрагментов, отсутствующих в прочих последовательностях).Далее приведено изображение полученного выравнивания из четырёх последовательностей:
Найдем некоторые блоки в данном выравнивании. Можно выделить вертикальный блок (то есть участок выравнивания, где можно ожидать гомологию между аминокислотными остатками всех последовательностей) с координатами [20;45]: из 26 позиций в этой группе 15 абсолютно функционально консервативных и 11 абсолютно консервативных (58% и 42% от всех позиций в группе соответственно). Также можно выделить блок, включающий все последовательности, кроме B0RG24 (координаты [54;69]): в нем 11 абсолютно консервативных позиций и 11 абсолютно функционально консервативных. В позициях [90;124] (35 позиций) блоков нет, в этом промежутке содержится 7 позиции с гэпами (20%)
Приведем некоторые характеристики описанного выше вертикального блока: его консенсусная последовательность — ATVGIT-HAAD-LGDVVFVELPAVG, один из возможных паттернов — [VI]-G-I-T-x-[HY]-A-[QA]-x-x-L-G-D-[MV]-V-[FY]-V-E-[AL]-P-x-x-[GD]-x-x-[IL]. Далее приведена лигатура данного участка выравнивания:
Добавим произвольную последовательность, негомологичную данным (UniProt ID P21853), и добавим к ней гэпы так, чтобы достичь консервативности в участках, бывших консервативными в найденных блоках: можно добиться абсолютной функциональной консервативности в 3 позициях из 26 для найденного (вертикального) блока (12%).
Построим теперь множественное выравнивание для произвольных последовательностей: NP_354235.1; NP_213288.1; NP_069398.1; NP_809341.1; NP_820762.2; NP_295013.1 (файл с полученным выравниванием pr10-out.fasta). Не удалось найти участки, удовлетворяющие определению блока, так как определение требует наличия достаточно большого количества абсолютно консервативных колонок; участки, больше всего близкие к блокам — [9;15] для первых трех последовательностей (3 абсолютно функционально консервативных позиции из 7) и [755;762] для последних трех (3 абсолютно функционально консервативных позиции из 8).
Ссылка на файл проекта JalView с результатами выполнения практикума: pr10.jvp