Для реконструкции эволюции выбрано семейство: ID Maelstrom, AC PF13017 (Pfam). Этот домен участвует в биогенезе piРНК. Существует 8 архитектур, включающих этот домен (ссылка). Выбраны две архитектуры: Maelstrom (106 последовательностей) и HMG_box_2, Maelstrom (103 последовательности). HMG_box_2 — ДНК-связывающий домен, участвующий в перестройке хроматина. Далее будем называть эти архитектуры архитектурой 1 и 2 соответственно. Выбран для исследования таксон Metazoa и его подтаксоны Ecdysozoa (Линяющие, в частности, Нематоды и Артроподы) и Chordata (Хордовые). Далее обозначим их E и C соответственно. Получен файл (total.ods), содержащий выбранные для дальнейшего анализа последовательности с указанием доменной архитектуры. Из выравнивания семейства в Pfam получено исправленное выравнивание подвыборки (47 последовательностей, проект). Полученное дерево (построено Neighbour Joining в JalView) имеет клады, почти точно соответствующие архитектурам, но архитектуры не соответствуют таксонам: возможно, у общего предка произошла дупликация участка (но это противоречило бы определению домена, нет непрерывной эволюции) или слияние домена Maelstrom с HMG_box_2 происходило множество раз независимо.