Практикум 11: Алгоритмы выравнивания

Задание 1

На что можно смотреть чтобы понять гомологичные ли белки? Я при рассмотрении негомологичных белков взяла довольно много аналогичные функции выполняющих или схожие домены имеющие, поэтому все не так очевидно!

Очевидней всего, по крайней мере на моих белках, различался процент покрытия. Гомологичные белки покрывались во-первых в среднем более 50%, а во-вторых, процент был одинаков для обоих белков.
Глобальное выравнивание негомологичных дает очень маленький процент сходства. А вот с локальным надо аккуратнее: у меня у белков со схожей функцией (например, перенос электронов через мембрану) или схожим механизмом (например, наличие цинковых пальцев) давало ~40% сходства при локальном выравнивании, что очень даже было сравнимо с гомологичными белками
У не гомологов индели, кажется, длинней. И их много длинных инделей в обоих последовательностях.
Я не очень разобралась, откуда берется Score и на что его стоит нормировать
В гомологичных домены (самые важные и схожие куски в моем пока что упрощенном понимании) все таки располагаются относительно всей последовательности в одном и том же месте
Если видно очень длинные начальные и конечные индели (то есть выровнялось начало одного с концом другого) то скорее всего это всё это не гомологи.

Задание 2

Ссылка на проект по ALF

Участок выравнивания

Fructose-bisphosphate aldolase - очень древний фермент, присутствующий почти во всех группах организмов, потому что катализирует одну из центральных реакций гликолиза или глюконеогенеза. Я радостно построила выравнивание , рассматривать взялась белок дрозофилы и галоархеи. Сбило меня с курса глобальное выравнивание . какое то оно вышло очень странное и я не могу понять почему. На картинке я оставлиа выровненное с локальным выравниванием. Прямо скажем я например не совсем уверена в гомологичности и наличии у них общего предка... Хотя чтото консервативное вроде есть. В общем, не очень понятно на что смотреть в этой паре - на множественном выравнивании интуитивно было более понятно родство белков.

Ссылка на проект по PSBA

Участок выравнивания

А это один из центральных белков фотосистемы 2 рассмотренный на бактерии и на высшем растени. Он оказася крайне консервативным! Так что даже не удалось найти никаких отличий в выравниваниях.

UPD по заданию 2

Ссылка выравнивание ALF для пяти разных бактерий
Участок множественного выравнивания

Я решила что поссмотрю на более близкие виды, чтобы что-нибудь увидеть. Поэтому псотроила множественное выравнивание для пяти видов бактерий, и выбрала Rhizobium meliloti (Alphaproteobacteria) и Bucheria aphidicola (Gammaproteobacteria).

A

Первое различие во всех трех выравниваниях обнаружилось в самом начале. Интересно, что глобальное выравнивание обнаружило довольно консервативный участок (ARI). Однако считать его значимым наверное не стоит, так как это самое начало последовательности. Судя и по множественному выравниванию, значимое сходство действительно начинается ~ c 22 позиции.

B

Думаю, тут более вероятную эволюцию отражает множественное выравнивание. Хотя в нем два гэпа. GNN в RHIME - начинается с 85ой аминокислоты. 84ый гистидин - место связывания с цинком (по записи Uniprot). Наверное то что за ним идет не имеет большого значения, может нужно просто ради длины, или образования кармана?

C

Множественное выравнивание не вычленило участок IVMHGSS - а он судя по всему довольно консервативен и вообще в обоих последовательностях очень похож. В Uniprot про этот участок правда ничего не пишут.

D

Снова различия между локальным и глобальным. В выбранных последовательностях water и needle различаются только на концах, что не стоит видимо считать очень значимым. Значит последовательности все-таки достаточно близкие.
Интересно, что вообще значимого может кодироваться на концах белка. Может какие нибудь сайты прикрепления-связывания? Или что-нибудь сигнальное. По крайней мере в данном белке крайние возможные сайты (по записи Uniprot) - ~50нк и ~280нк.