Из генома я вырезала последовательности длиной 100 нуклеотидов, предшествющих каджому из 9 кодирующих
участков в данном вирусе.
MEME был запущен с параметрами:
Motif Site Distribution ZOOPS: Zero or one site per sequence
Site Strand Handling Sites must be on the given strand
Maximum Number of Motifs 3
Minimum Motif Width 6
Maximum Motif Width 50
Minimum Sites per Motif 2
Maximum Sites per Motif 9
Bias on Number of Sites 0.8
Один из найденных сигналов встретился в 7 из 9 предпоследовательностях, и имел E-value = 2.5e-001 что, в принципе значимо!
Мне стало интересно посмотреть, что же у нас должно было получится, и вот как выглядит CS в статье. Найденный
мотив в 11 позиции тоже имеет С, до него - много А. Короче, я бы сказала, что у нашлось чтото похожее...
Картинка из приложенной статьи