Эволюционная модель
В данном задании была дана скобочная структура, описывающая эволюцию гена SYQ_ECOLI, на основе которой построено дерево:

Числа на ветках обозначают эволюционные расстояния между последовательностями.
С помощью программы msbar были получены мутантные последовательности, соответствующие указанным узлам. Скрипт, использовавшийся в создании новых файлов последовательностей: 
msbar p00962ns.fasta a.fasta -point 4 -count 1665 -auto
msbar p00962ns.fasta efdbc.fasta -point 4 -count 167 -auto
msbar efdbc.fasta ef.fasta -point 4 -count 333 -auto
msbar efdbc.fasta dbc.fasta -point 4 -count 333 -auto
msbar ef.fasta e.fasta -point 4 -count 1166 -auto
msbar ef.fasta f.fasta -point 4 -count 1166 -auto
msbar dbc.fasta d.fasta -point 4 -count 1166 -auto
msbar dbc.fasta bc.fasta -point 4 -count 167 -auto
msbar bc.fasta b.fasta -point 4 -count 999 -auto
msbar bc.fasta c.fasta -point 4 -count 999 -auto
  1. Определение эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями
  2. Сравнение методов реконструкции деревьев


Главная страница