<>

Предполагаемая структура дегидратазы домена MaoC из Chloroflexus aurantiacus J-10-fl

Структура в целом

4E3E — белок, фермент из класса оксидоредуктаз. У данного белка 2 цепи (A и B), они идентичные. Биологическая единица — гомотример, который может собираться как из цепей A, так из цепей B

4E3E (биологическая единица) вид сверху, представляет собой гомотример. Данный белок связывает сульфат-анионы, они отмечены желтым и красным

В биологической единице больше альфа спиралей, чем бета листов.

В голубой покрашены альфа спирали, фиолетовым — бета листы, светло-розовым — петли

Отдельные цепи

Цепи из Chloroflexus aurantiacus J-10-fl

uniprot_id: A9WC34

Проявляют:

  • Углерод-кислород лиазную активность
  • Гидролиазную
  • 3-гидроксиацил дегидратазную активность
  • Углерод-углерод лиазную активность
  • Оксокислотную лиазную активность

Может участвовать в фиксации углерода в гидроксипропионатном цикле.

Мутаций относительно референса нет.

Ассиметричная единица, покрашены разные цепи

Модифицированное основание

Одна цепь. Фиолетовым выделены селенометионины

В обеих цепях есть модифицированное основание — селенометионин

Ссылка на данные в pdb
Селенометионин

Малые молекулы

Короткое наименование: SO4

Полное наименование: SULFATE ION

Ссылка на данные в pdb
Cульфат-ион в цепи крупным планом. Красным и желтым выделен ион, голубым — окружающие анион аминокислоты. Серым представлена остальная цепь
Расположение сульфат-иона относительно цепи. Красным и желтым цветом выделен лиганд, голубым — цепь. Имеется сайт только для одного аниона

Взаимодействия в белке

Водородные связи, затргивающие белковый остов.

Водородные связи (жёлтые) внутри альфа спирали

Водородные связи между боковыми радикалами также имеются.

Пример водородных связей между боковыми радикалами аминокислотных остатков

Солевые мостики тоже есть.

Солевой мостик

Дисульфидных связей нет, в цепи только один цистеин.

Единственный цистеин, выделен желтым

Пример стекинга.

Стекинг между двумя тирозинами