Учебный сайт Юдиной А.С.

Главная

Обо мне

Семестры

Выравнивание нуклеотидных последовательностей.

1. Определили таксономию организма по нуклеотидной последовательности с помощью программы BLAST. Последовательность была взята из практикума 6.

2. Сравнили работу трех программ blastn, discontigous blast, megablast. Результаты поиска представлены на скриншотах.

Рис.1 Результаты поиска в blastn.

Рис.2 Результаты поиска в megablast.

Рис.3 Результаты поиска в discontigous blast.

3. Нашли гомологичные последовательности белков в геноме организма X5 (Amoeboaphelidium protococcarum).

Таблицы находок с помощью программы tblastn для белков: TERT_SCHPO, HSP71_YEAST, EIF3G_SCHPO.

4. Нашли ген белка, находящийся в скаффолде длиной более 10000 пар нуклеотидов. Для выполнения этой задачи была использована программа blastx.