Филогенетические деревья, продолжение.
На основе выравниваний белковых последовательностей триггер фактора[1] восьми представителей протеобактерий
в программе MEGA методом Neighbor-joining(NJ) было реконструировано филогенетическое дерево. Этот метод относится
к прямым (эвриститческим), не использует молекулярные часы, т.е. строит неукорененные деревья, реконструирует длины ветвей, т.е.
делает возможным понять какая из ветвей эволюционирует дольше.
На основе того же выравнивания с использованием программ пакета PHYLIP, снабженых интерфейсом в стиле EMBOSS,
было так же реконструировано филогенетическое дерево. Вначале выранвнивание было передано в программу fprotdist,
которая создала матрицу расстояний. Далее файл с матрицей расстояний
был загружен в программу fneighbor, которая реализует аналоговый метод для NJ. В результате было получено дерево в формате Newick.
 
Рис. 1. Филогенетические деревья реконструированные методом Neighbor-joining в программе MEGA и
программами fprotdist и fneighbor (слева на право).
Теперь проанализируем полученные результаты.
Совпадения:
- Оба дерева не укоренены, так как не используются молекулярные часы;
- Практически нет разницы в реконструкции клады, содержаний виды
ENT38, YERPE, PROMH, HAEIN, PASMU (ни в порядке отделения ветвей, ни в их длине).
Отличия:
- Длина ветвей клады, отделяющей BRADU и RHOS4, резко выдается относительно других
в дереве, реконструированном программами PHYLIP, в то время как в древе NJ расстояние от предполагаемого начала дерева
до конца ветвей примерно одинаковое. Предположу, что так происходит из-за того, что
в NJ при построении дерева две близкие последовательности объединяются в кластер и далее рассматриваются программой как одна последовательность,
таким образом расстояния внутри этого кластера не просчитываются.
- В дереве, реконструированном программами PHYLIP, одновременно расходятся три ветви, что явлется маловероятным с точки зрения эволюции.
В дереве NJ такой небинарности не возникает, и этот вариант построения соответствует оригиналу, рассмотренному в предыдущей работе.
Источники:
1.Горянин И.И. Шапероны Hsp60, Hsp70, Hsp100, Триггер Фактор и
протеаза Lon как эффективные модуляторы активности
люцифераз и белков LuxR мезофильных и
психрофильных морских бактерий - диссертация.
|
