Учебный сайт Юдиной А.С.

Главная

Обо мне

Семестры

Построение и анализ дерева, содержащего гомологи.

Ортологи - гомологичные белки, разделение общего предка которых произошло в результате видообразования. Таким образом, такие белки находятся в разных организмах.
Паралоги - гомологичные белки из одного организма. Возникают благодаря генной дупликации.

Для реконструкции дерева, содержащего гомологи, были проанализированы протеомы бактерий из практикума 1. С помощью BLASTP с порогом E-value = 0.001 были найдены гомологи белка CLPX_ECOLI. Найденные гомолги представлены в таблице 1.

Далее в программе MEGA методом Минимальной эволюции было реконструировано филогенетическое дерево (Рис.1).

Рис.1

Клады CLPX и HSLU, выделенные красным и синим соответственно. Клада, выделенная зеленым, соответствует белку ATP-dependent zinc metalloprotease. Эти белки присутствуют в каждом организме, т.е. такие пары, как CLPX ENT38 и HSLU ENT38, CLPX HAEIN и HSLU HAEIN, H7C810 BRADU и HLSU BRADU, являются паралогами - результатом такого события, как генная дупликация.

Другое эволюционное событие - расхождение в результате видообразования, дает ортологи. К ним можно отнести такие пары - HLSU PASMU и HLSU HAEIN, CLPX ENT38 и CLPX YERPE и т.д.