Учебный сайт Юдиной А.С.

Главная

Обо мне

Семестры

PSI-BLAST. Банк Prosite.

PSI-BLAST

Проводили несколько раундов поиска в psi-blast по AC P74518. Он соответствует белку Ribosome hibernation promotion factor, функция которого димеризовать способные к трансляции 70 S рибосомы в транскрипционно неактивные 100 S рибосомы. Данный белок встречается у рода Synechocystis, относящемуся к цианобактериям. Результаты каждой итерации добавлены в таблицу 1.

Таблица 1

При последних двух итерациях число находок не изменилось, однако поменялся их порядок. Худшая находка в итерации 2 при итерации 3 оказалась 4 с конца, а худшая находка в итерации 3 при итерации 2 была третьей с конца.
Тем не менее, разрыв в E-value между худшей находкой над порогом и лучшей под порогом остается большим - порядка e-18. Поэтому можно сделать вывод, что найденные белковые последовательности составляют семейство гомологичных белков.

Prosite

Для работы с базой данных паттернов были выбраны бактерии из практикума 2, но были взяты последовательности белка фактора элонгации Ts (EFTS), так как для ранее рассматриваемого триггер-фактора (TIG) паттернов найдено не было.

В семействе Elongation factor Ts в Prosite было найдено два паттерна:

1. [ELAS]-[LIVMF]-[NVCKGST]-[SCVA]-[QE]-T-D-[FS]-[VLA]-[SAT]-[KRNLAQS]
2. L-R-x(2)-[ST]-[GSDNQ]-x-[GSA]-[LIVMF]-x(0,1)-[DENKAC]-x-K-[KRNEQS]-[AV]-L

Рис.1

Далее рассматривался паттерн 1, он был найден в варавнивании, открытом в программе Jalview, и сделан более строгим: E-[VML]-N-[CS]-[EQ]-T-D-F-[VL]-A-[RKL] (Рис.1).

По более строгому паттерну в Prosite был найден список AC белков, содержащих данный паттерн (поиск по Swissprot) - 471 белок.
Далее на сайте Uniprot были найдены белки EFTS, относящиеся к протеобактеиям - это правильный список (то есть у всех этих последовательностей предполагается наличие данного паттерна) - 416 белок.

С помощью функции VLOOKUP в программе Excel было найдено пересечение полученных списков последовательностей:

Ссылки:

Prosite
Uniprot