Практикум 1

Выбранные бактерии

№	Название	Мнемоника	Таксономия до рода
1	Agrobacterium fabrum	AGRFC	Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Hyphomicrobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium
2	Brucella suis	BRUSU	Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Hyphomicrobiales; Brucellaceae; Brucella/Ochrobactrum group; Brucella
3	Burkholderia cenocepacia	BURCA	Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia
4	Haemophilus influenzae	HAEIN	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus
5	Rhizobium meliloti	RHIME	Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Hyphomicrobiales; Rhizobiaceae; Sinorhizobium/Ensifer group; Sinorhizobium
6	Roseobacter denitrificans	ROSDO	Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Roseobacter
7	Saccharophagus degradans	SACD2	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Cellvibrionales; Cellvibrionaceae; Saccharophagus
8	Shewanella denitrificans	SHEDO	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella

Скобочная форма дерева

((((HAEIN, SHEDO), SACD5), BURCA), (((RHIME, AGRFC), BRUSU), ROSDO));

Изображение дерева

Почему-то MEGA у меня не установилась, работал в FigTree. Сохранил скобочную форму в файл с форматом .tre и открыл в программе.

Ветви дерева

Дерево содержит следующие нетривиальные ветви:

1. {HAEIN, SHEDO} против {SACD5, BURCA, RHIME, AGRFC, BRUSU, ROSDO}
2. {HAEIN, SHEDO, SACD5} против {BURCA, RHIME, AGRFC, BRUSU, ROSDO}
3. {HAEIN, SHEDO, SACD5, BURCA} против {RHIME, AGRFC, BRUSU, ROSDO}
4. {HAEIN, SHEDO, SACD5, BURCA, RHIME} против {AGRFC, BRUSU, ROSDO}
5. {HAEIN, SHEDO, SACD5, BURCA, RHIME, AGRFC} против {BRUSU, ROSDO}

Из них 2 выделяет класс Gammaproteobacteria, 3 — класс Alphaproteobacteria, 4 — порядок Hyphomicrobiales.