Целью данного этапа работы было создание искуственного хода эволюции белка (глицеропорина из E. coli) и изучение на его основе разных методов реконструкции хода эволюции.
Начальные данные - это нуклеотидная последовательность белка и правильная скобочная структура дерева событий.
(A:100, (B:70, ((C:50,D:50):10,(E:40,F:40):20):20):30)
1. В начале необходимо было воссоздать дерево событий для наглядности хода эволюции на основе правильной скобочной структуры (см. рис. ниже)
2. Для получения последовательностей, находящихся в узлях и вершинах дерева, пересчитано количество замен на длину исходной последовательности.
3. С помомощью программы msbar пакета Emboss на основе следующего скрипта:
msbar GlpF_Embl.fasta a.fasta -point 4 -count 845 -auto msbar GlpF_Embl.fasta 2.fasta -point 4 -count 254 -auto msbar 2.fasta 3.fasta -point 4 -count 169 -auto msbar 2.fasta b.fasta -point 4 -count 592 -auto msbar 3.fasta 4.fasta -point 4 -count 85 -auto msbar 3.fasta 5.fasta -point 4 -count 169 -auto msbar 4.fasta c.fasta -point 4 -count 423 -auto msbar 4.fasta d.fasta -point 4 -count 423 -auto msbar 5.fasta e.fasta -point 4 -count 338 -auto msbar 5.fasta f.fasta -point 4 -count 338 -autoполучены последовательности, содержащие необходимое количество замен.
Анализ модели: