Укоренение в среднюю точку
С помощью программы retree пакета PHYLIP в среднюю точку (опция M) было укоренено дерево, построенное в JalView методом Neighbor-Joining using % identity. Дерево, полученное изначально, представлено на рисунке 1, переукоренённое — на рисунке 2. Как видно, топология дерева не изменилась, поменялись лишь длины некоторых ветвей.
Укоренение произошло в ветвь {FINM2}vs{LACAC,STAA1,STRP1,LACLM,LISMO,BACSU,BACAN}. Это совпадает с деревом, построенным ранее, что говорит о том, что укоренение вероятней всего правильное.
Рисунок 1. Графическое изображение дерева.
Рисунок получен с помощью программы Mega6. Дерево построено по алгоритму Neighbour-Joining using % identity в программе Jalview.
Рисунок 2. Переукоренённое дерево.
Рисунок получен с помощью программы Mega6. Переукоренение осуществлено программой retree пакета PHYLIP.