Построение и визуализация электронной плотности (ЭП)
Так как для структуры дегидратазы, с которой проводилась работа все прошлые годы, так и не вышла статья, в качестве объекта исследования был выбран белок глутаредоксин-1 из Plasmodium falciparum (PDB id: 1HJM; сайт EDS). Это небольшой редокс-белок с длиной 111 аминокислот. Ниже приведены основные характеристики полученной структуры.
- Метод получения: РСА
- Разрешение: 1.55 Å
- R-value структуры (free*): 0.148 (0.179)
- R-value карты ЭП: 0.175
* — оценка того, как модель, построенная на 90% данных, хорошо описывает оставшиеся 10%.
Визуализация электронной плотности вокруг полипептидной цепи
С помощью карты электронной плотности с сайта EDS была построена ЭП для цепи А глутаредоксина. На рис.1 представлен общий вид ЭП вокруг полипептидной цепи на уровне подрезки σ = 1 и 2. Из полученных изображений видно, что более высокие значения σ уже неполностью покрывают остов белка.
Рисунок 1. Визуализация электронной плотности цепи А белка 4hjm с разными уровнями подрезки: 1 и 2.
Серым цветом представлена ЭП, фиолетовым — полипептидный остов белка.
Рисунок получен с помощью программы Pymol. Последовательность команд.
Визуализация электронной плотности вокруг трех аминокислотных остатков
Аналогичная процедура была проведена для трёх аминокислотных остатков — лизина, триптофана и валина. Результат представлен на рис.2. Уже при уровне подрезки равной 1 ЭП неполностью покрывает хвост лизина. Похожая ситуация наблюдается и при более высоких значениях σ.
Рисунок 2. Визуализация электронной плотности Lys10, Trp11, Val12.
Серым цветом обозначена ЭП, розовым — атомы углерода, синим — азота, красным — кислорода.
Рисунок получен с помощью программы Pymol. Последовательность команд.
Таким образом, несмотря на то, что разрешение структуры белка относительно неплохое (1.55 Å), не все аминокислотные остатки полностью описываются картой ЭП, что снижает качество представленной модели структуры белка.