PFAM и Interpro

1. Описать доменную архитектуру данного белка в соответствии с банков Pfam.

Доменная структура белка RIDA_BACSU (YABJ_BACSU) по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка RIDA_BACSU	Клан
1.	PF01042	Ribonuc_L-PSP	Эндоирбонуклеаза L-PSP. Она активна на одноцепочечной РНК и угнетает синтез белка при расщеплении мРНК (раньше думали, что ее функция - тормозить начало синтеза белка). Также она, возможно, участвует в регуляции биосинтеза пурина (что коррелирует с установленной функцией белка RIDA_BACSU).	7–124	-

2. Выберите один из доменов белка и приведите данные о его архитектурах, содержащих его белках и последовательностях.

1. Домен входит в 51 архитектуру (в белке RIDA_BACSU - архитектура Ribonuc_L-PSP, то есть одиночный домен).


2. Известны последовательности 8475 белков, содержащих этот домен.


3. Пространственная структура определена для 16 разных белков, содержащих домен (или 92 структур вообще).


4. В выравнивании можно увидеть, что белки достаточно похожи между собой, а многие из них даже попали в результаты прошлого задания с гомологичными белками, что не может не радовать. Выравнивание

3. Выберите доменную архитектуру с двумя разными доменами. Опишите, как часто и в каких организмах они встречаются по отдельности.

В моем белке этот домен единственный, соответственно, была найдена другая архитектура - ATP_bind_4, Ribonuc_L-PSP.

Представленность доменов PF01042 и PF13442 в организмах разных таксонов

Таксон		Количество белков с доменом PF01042.	Количество белков с доменом PF13442.
Эукариоты	Зеленые растения	86	48
	Грибы	488	2
	Животные	138	3
	Остальные эукариоты	84	36
Археи		87	3
Бактерии		7569	6594
Вирусы		0	0

Можно сделать вывод, что оба домена представлены чаще всего в бактериях, причем первый распространеннее второго, который у грибов, животных и архей встречается вообще в единичных случаях.

Сравните описание мотивов в разных банках семейств по данным InterPro.

1. Самый короткий мотив - UPF0076 (18 остатков, 100 - 118), банк PROSITE pattern.


2. Звание самого длинного мотива делят мотив Endoribon_LPSP (1 - 124, банк PANTHER) и мотив YjgF/chorismate_mutase-like (2-125, банк SuperFamily).


3. Представлены следующие структурные подписи:
   
   

                1qd9A     PDB Chain
                1qd9B     PDB Chain	
                1qd9C     PDB Chain
   3.30.1330.40 1qd9A00   CATH Domain
   d.79.1.1     d1qd9a_   SCOP Domain



4. Границы домена PF01042 не изменились по сравнению с Pfam, все так же 7 - 124.