PSI-BLAST

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	> 5 (результаты для 5)	165	0.004	0.005	995	7e-04	0.023
SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	3e-12	4.9	514	3e-38	0.42
Y380_RHIME	P17265	4	15	7e-04	0.027	25	3e-18	0.024
RIDA_BACSU	P37552	4	72	6e-06	0.17	75	1e-04	0.083

• Для первой последовательности (P18196) было проведено 5 итераций, по результатам которых можно сказать, что результаты расходятся. При каждой итерации появляются новые найденные последовательности, разрыв в E-value увеличился (0.001 --> 0.0223). Если проанализировать E-value собственно данной последовательности, то он постоянно рос (8e-171, 1e-117, 1e-100, 6e-97, 7e-83), и в 5й итерации она даже стоит не на первом месте в результатах поиска. Все это свидетельствует о расходимости результатов. Стоит заметить, что уже 6 итерация не добавляет результатов в поиск (все так же 995).
  
• В случае со второй последовательностю, результаты явно сходятся. Их количество не меняется, начиная сразу со второй итерации, разрыв между худшими результатами до порога и лучшими после заметно уменьшился (см. таблицу). E-value данного белка, логично, повысился (3e-116 --> 1e-94). Если посмотреть на изменение e-value "среднего" белка (O25985), он сильно понизился с 3e-19 до 5e-46, то есть последовательность стала "ближе" к искомому. Это лишний раз показывает (совместно с остальными признаками) сходимость результатов.
  
• Результаты поиска по третьей последовательности также сходятся. Всего было проведено 4 итерации до того, как количество результатов перестало изменяться. Разрыв между худшым результатом до порога и лучшим после него снизился, как и в случае с предыдущей последовательностью. Мы видим такую же тенденцию, как и в прошлый раз, и с изменениями e-value начального белка (7e-141, 1e-77, 2e-75, 1e-71) и "средней" последовательности Q5XAQ7 (2e-07, 1e-49, 1e-57, 8e-58).
  
• К большооой радости, результаты поиска по моему белку RIDA_BACSU тоже сошлись :). Как видно, достаточно четырех итераций для того, чтобы количество результатов уже не менялось, причем разрыв по порогу в последней итерации стал меньше по сравнению с первой (см. таблицу). E-value самого белка сначала, как и обычно, росло (5e-88, 4e-61, 4e-58), а потом совсем немного снизилось (1e-58). При этом e-value "среднего" белка O30825 постоянно уменьшалось, постепенно приближаясь к искомому (3e-07, 2e-27, 1e-27, 1e-28).
  
  

  ---

  
  Итак, если изменить порог e-value при поиске первой последовательности (P18196) на 0.001, то мы сразу видим, что результаты сходятся, уже 3я итерация не дает новых результатов. Все остальные параметры изменяются соответственно тому, как они меняются в 2-4 поисках (e-value искомой последовательности растет, разрыв уменьшается).
  
  

  № итерации	Количество находок	Худшее e-value до порога	Лучшее e-value после порога	E-value MINC_ECOLI
  1	157	0.001	0.001	8e-171
  2	188	8e-08	0.003	9e-119
  3	188	4e-12	0.001	4e-112

  
  

  Проверив результаты на расходимость при разных значениях порога, можно сделать вывод, что даже при 0,0011 они уже начинают расходится, то есть этот порог - максимальный.
  Расходимость при бОльших порогах происходит потому, что таким образом устанавливаются менее строгие параметры для поиска последовательностей, соответственно, они становятся все менее похожи друг на друга, выделить "среднее" все труднее, и, как следствие, каждый раз находится все больше новых результатов и поиск не сходится. При установки же параметра на 0,001 в данном случае какие-то "мешающие" белки отсекаются и результаты сходятся.