Классификация ферментов ЕС

1. Сбор информации о своем ферменте

Данный мне белок - CACP_HUMAN. Его EC-код - 2.3.1.7.

Код 2.3.1.7 соответствует карнитин О-ацетилтрансферазам. Подробнее о каждой букве кода:

• 2 - Transferring One-Carbon Groups (трансферазы, прееносящие одноуглеродные группы);
• 3 - Acyltransferases (ацетилтрансферазы);
• 1 - Transferring groups other than amino-acyl groups (трансферазы, переносящие не аминоацильные группы);
• 7 - carnitine O-acetyltransferase.

Как следует из всего вышеперечисленного, данный мне белок ацитилирует карнитин. Также он может использовать пропаноил-CoA и бутаноил-CoA. Сама реакция выглядит примерно так:

Acetyl-CoA + carnitine <=> CoA + O-acetylcarnitine

А механизм ее протекания хорошо показан на этой картинке:

2. Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?

Поиск показал, что белков человека, полностью совпадающих с данным мне по всем уровням классификации, в Swiss-Prot больше нет. Белков из других организмов с такой же классификацией находится еще семь.

• белков с EC вида 2.3.1.* у человека 153;
• белков с ЕС вида 2.3.*.* (ацетилтрансфераз) у человека 177;
• белков с ЕС вида 2.*.*.* (трансфераз) у человека 1697.

Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

1. Всего было найдено 1370 трансфераз (класс 2) мыши. Из них 175 совпадают по подклассу, 155 - по подподклассу и только один (CACP_MOUSE) - по всей классификации.

   Список белков с EC-кодами;
   Fasta-файл.

2. C помощью blastp было найдено семь достоверных гомологов данного белка (CACP_HUMAN, P43155). Всего результатов больше ста, причем сотый результат имеено e-value 0.26, но гомологами они явно не являются.

3. Ниже представлена таблица соотношения функции белка в зависимости от его позиции в выдаче blastp:

   
   

   Белок	E-value	EC
   CACP_MOUSE	0.0	2.3.1.7
   CLAT_MOUSE	2e-173	2.3.1.6
   OCTC_MOUSE	3e-102	2.3.1.137
   CPT1B_MOUSE	1e-90	2.3.1.21
   CPT1A_MOUSE	4e-89	2.3.1.21
   CPT2_MOUSE	4e-88	2.3.1.21
   CPT1C_MOUSE	2e-77	2.3.1.21

   
   

   Как видно, все находки имеют одинаковую функцию до подподкласса. Кроме того, четыре из них имеют ЕС 2.3.1.21 и явно являются близкими гомологами (CPT*_MOUSE).