Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)
1. Определите, в каких метаболических путях участвует ваш фермент
Данный мне фермент - CACP_HUMAN. В документе Swiss-Prot с его описанием был найден его идентификатор KEGG:
DR KEGG; hsa:1384; -.
По нему фермент был найден в KEGG (страница). В описании метаболических путей фермента показан один путь - "Peroxisome" ("Пероксисома", hsa04146). Из него мы можем заключить, что данный белок является белком пероксисомы и принимает участие в окислении жирных кислот.
2. Найдите в KEGG структурные формулы заданных соединений
Данные мне соединения - цитрат и глиоксилат. С помощью KEGG была найдена следующая информация о них (приведены лишь несколько первых английских названий, остальные - формальные, по номенклатуре):
| Цитрат | Глиоксилат | |
|---|---|---|
| Название (англ.) | Citrate; Citric acid | Glyoxylate; Glyoxalate; Glyoxylic acid |
| Индентификатор | C00158 | C00048 |
| Структурная формула |  |  |
3. Найдите метаболический путь от одного заданного вещества к другому
К сожалению, вначале я нашла не самый короткий метаболический путь (к тому же встречающийся только у прокариот), но он очень похож на кратчайший, поэтому привожу его в отчете тоже. Выбранная цепочка ферментативных реакций (не самая хорошая, ko00720):
Карта: фиксация углерода у прокариот
Путь: цитрат --> оксалоацетат --> (S)-малат --> L-малил-CoA* --> глиоксилат
* - гугл не очень знает такого русского слова, но и перевод не находится, к сожалению; оно же (3S)-3-карбокси-3-гидроксипропаноил-CoA
Выбранная цепочка ферментативных реакций (лучшая, ko00630):
Карта: метаболизм глиоксилата и дикарбоксилата
Путь: цитрат <--> оксалоацетат <--> (S)-малат <--> глиоксилат
4. Сравните метаболические пути у разных организмов
Возможность выбранной цепочки ферментативных реакций в разных организмах
| Организм | Цепочка реакция возможна? | Обоснование |
|---|---|---|
| Bacillus subtilis | нет | неизвестен ген фермента, катализирующего 3 стадию(EC 2.3.3.9) |
| Archaeoglobus fulgidus | нет | неизвестен ген фермента, катализирующего 3 стадию(EC 2.3.3.9) |
| Arabidopsis thaliana | да | присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций |
| Homo sapiens | нет | неизвестен ген фермента, катализирующего 3 стадию(EC 2.3.3.9) |
Первая приведенная (прокариотическая) цепочка ферментативных реакций не представлена ни в одном из данных орагнизмов.