Задание d3: гидрофобные кластеры

С помощью сервиса CluD я попыталась найти гидрофобные кластеры в структуре 1QD9. Поиск проводился с разными парметрами. При пороге расстояния больше 4.5 ангстрем сервис находил два гидрофобных кластера, один по всему белку (гомотримеру), второй - в "воронке" поры между мономерами (рис. 1). При меньшем пороге удалось разделить эти кластеры на отдельные, соответствующие каждому мономеру (рис. 2). Порог в 4.5 ангстрема оказался оптимальным, потому что при последнющем его уменьшении кластеры внутри мономеров разбивались на мелкие, а центральный кластер был разделен либо совсем не виден. Наиболее удачным для этой структуры я считаю значение порога в 4.5 ангстрем. В таком случае находится пять больших кластеров (больше 15 остатков). Три из них соответствуют гидрофобным ядрам мономеров, котоыре составляют домены белка (116-149 остатков), еще два же расположены по двум сторонам от расщелины между ними (89 и 67 остатков).

Рис. 1: Результат поиска гидрофобных кластеров сервисом CluD с порогом расстояния 5.0 ангстрем - найдено два больших кластера.



Рис. 2: Результат поиска гидрофобных кластеров сервисом CluD с порогом расстояния 4.5 ангстрем - найдено пять больших кластеров. Структура показана с двух сторон.

Таким же образом были определены гидрофобные кластеры между отдельными цепями (мономерами). При этом самым удобным порогом расстояния оказался 5.0 ангстрем. Между каждой парой мономеров находилось по два кластера размером 14-30 остатков, которые представляли собой, по сути, треть от найденных на предыдущем шаге кластеров в "расщелине" между мономерами, как и ожидалось.

Рис. 3: Результат поиска гидрофобных кластеров между цепями A и B сервисом CluD с порогом расстояния 5.0 ангстрем - найдено два кластера, соответствующих найденным ранее (пояснение в тексте).



Таким образом, сервис CluD оказался вполне приемлимым для поиска гидрофобных ядер в структуре 1QD9. При меньшем "разрешении" он способен определять меньшие кластеры, соответствующие доменам, при большем - объединяет гидрофобные кластеры разных доменов.