d4: построение и раскраска поверхности

В работе использовалась структура пуринового репрессора 2PUG.



Рис. 1a: Изображение поверхности контакта между ассиметричными единицами (мономерами) белка. Контакт определялся расстоянием меньше или равном 5.0 ангстрем. Контакты с ДНК не учитывались.



Рис. 1b: Изображение поверхности контакта между мономерами белка и ДНК. Синим покрашена поверхность и часть остова белка, осуществляющая контакт.



Рис. 1c: Изображение поверхности контакта между двойной спиралью ДНК и белком. ДНК показана проволочной моделью, покрашена по атомам; белок показан желтым цветом.

---

С помощью сервиса CluD было найдено 7 гидрофобных кластеров между мономерами белка из больше чем 10 остатков.

Рис. 2а: Гидрофобные кластеры между мономерами, найденные CluD.

C помощью Pymol была раскрашена поверхность атомов, принадлежащих этим семи найденным кластерам и образующих контакт между мономерами.

Рис. 2b: Изображение поверхности атомов мономера белка, образующих конаткты с гидрофобные контакты с другим мономером. Атомы, входящие в гидрофобные кластеры, найденные CluD, окрашены синим.