d5: сравнение доменов SCOP и Pfam

В работе использовалась структура 1L7V.

Pfam находит в структуре этого белка два домена: FecCD в цепях А и В (остатка 22-323) и ABC-транспортер в цепях C и D (остатки 16-162).

Рис. 1: Разделение структуры 1L7V по доменам Pfam

В базе данных SCOP цепи (A и B) и (C и D) также разделены. Первые определены в класс мембранных белков, суперсемейство и семейство АВС-транспортеров, причем целиком. Вторая пара цепей классифицирована в альфа/бета белки, суперсемейство нуклеозидтрифосфат гидролаз, содержащих P-петлю, и семейство, опять же, АВС-транспортеров. Цепи опять определены в домены целиком.

Рис. 2: Разделение структуры 1L7V по доменам в Pfam. Цветом показаны разные домены, серым - неопознанные участки. Одинаковые домены окрашены одинаково.


Рис. 3: Разделение структуры 1L7V по доменам в SCOP. Цветом показаны разные домены.

Можно сделать вывод о том (на примере этой структуры), что в целом SCOP и Pfam разделяют белок на домены одинаково. Несколько разнятся границы доменов - SCOP классифицирует цепи целиком, а Pfam вычленяет из них группы остатков, пусть даже они и составляют практически целую цепь. В случае обоих доменов были исключены концевые альфа-спирали, которые вроде бы не выглядят как выпадающие из домена. Не очень понятно, почему Pfam классифицирован их отдельно (то есть, это может быть связано с поледовательностями белков, но все же понятно не очень). Классификация и названия доменов разнятся в обоих случаях, потому что разнится и принцип классификации в этих базах данных.