|
С помощью сервиса RAST получена следующая информация:таблица с результатами. Одинаково аннотированных генов 47 Генов с одинаковым стоп-кодоном, но разными старт-кодонами 10 Генов, аннотированных RAST, и не аннотированных в записи GenBank 7 Генов, аннотированных в записи GenBank, и не аннотированных RAST 8 В целом, совпадающих генов примерно 65%, а генов не аннотированных где-либо всего 1%. Разница в старт-кодонах может быть невелика (3-6), но также может достигать 120 нуклеотидов, причем старт-кодон может выбираться как ближе к началу, так и дальше от него. В аннотации RAST в конце есть блок, не аннотированный GenBank, возможно, этот кусок генома просто не аннотировался. Для трех не аннотированных GenBank генов проверена аннотация с помощью BLAST:
Два белка опредилились как гипотетические и скорее принадлежащие бактериям (возможно, эти гены действительно передались бактериям от вирусов и поскольку геном бактерий (а тем белее Escherichia coli) лучше изучен, то в выдачу попали именно они). Superinfection exclusion protein B подтвержден. |