|
С помощью пакета velvet были cобраны контиги, длина использованного k-мера равна 31.
Были исполизованы следующие команды: velveth vel 31 -fastq chr20_tr.fastq - для выделения k-меров из чтений; velvetg vel - для сборки контигов на основе графа k-меров. Всего в графе 212 узлов, n50 = 273, максимальная длина контига 137, общая длина 23813. Программой blastn (алгоритм megablast) было проведено сравнение полученных контигов с последовательностью хромосомы. Использованы команды: makeblastdb -in chr20.fasta -dbtype nucl - создание базы blast из последовательности хромосомы; blastn -db chr20.fasta -query vel/contigs.fa -outfmt 6 -out chr20.fasta - непосредственно запуск blastn. Результат в виде таблицы. Всего однозначно картирующихся контигов 148, что составляет всего 1,5% от общего количества. Чаще всего между двумя контигами разрыв длиной в 30 нуклеотидов (таких случаев 38%). Разрывы варьируются по длине от 4 до 84, пересечения от 10 и до 14493802 нуклеотидов – контиги 116 и 114 картировались практически на одно место, всего таких случаев 4. |