Описание свойств MetJ в производных базах данных.
PROSITE, Pfam, InterPro - это все банки белковых семейств
и доменов, производные от банков аминокислотных последовательностей. В банке PROSITE
хранится коллекция мотивов*, биологически значимых сайтов, паттернов и профилей.
Pfam - это банк данных, в котором хранится большое собрание доменов**, семейств и профилей-НММ
для них. Pfam состоит из двух частей:
PfamA - курируемая часть, покрывает 73% Swiss-Prot+TrEmbl
PfamB - содержит большое число маленьких семейств из автоматически
сгенерированной базы доменов ProDom, не вошедших в PfamA
Pfam удобен для анализа доменной структры белков. Его используют для
множественного выравнивания некоторог семейства или кластера; экспертизы и
корректировки выравнивания-затравки; построения профиля-НММ для затравки; поиска в базе данных
аминокислотных последовательностей новых членов данной группы. InterPro - это интегрированная база данных.
Для знакомства с курируемыми базами данных нам был предложен ряд заданий.
Мы искали такие вещи как:
2.Мотивы в аминокислотной последовательности.
* Мотив в аминокислотной последовательности - набор консервативных остатков,
важных для функции белка и расположенных на определенном (часто небольшом)
расстоянии друг от друга в аминокислотной послеовательности.
Структурный мотив - часто встречающийся в белках элемент
пространственной структуры.
** Домен - единица эволюции, структуры и функции белков. Это компактная,
независимо сворачивающаяся структура, относительно консервативная
в процессе эволюции.
Семейство - группа белков, имеющая общее происхождение, их аминокислотные
последовательности выравниваются по всей длине со значимым весом и имеют сходную
доменную структуру.