|
|
Задание 1 C помощью пакета velvet я собрала контиги из очищенных ранее чтений. Сначала я использовала программу velveth для выделения k-меров из чтений: velveth ~/term3/pr15 31 -fastq trim2_chr21.fastq Далее с помощью программы velvetg я собрала контиги на основе графа k-меров: ~/term3/pr15 velvetg В итоге был получен файл с контигами с длины большей, чем двойная длина k-мера - contigs.fa и файл, резумирующий информацию в виде таблицы, - stats.xlsx(файл преобразован в таблицу excel). Красным цветом в нем отмечена строчка с самым длинным контигом: 2794 нуклеотида. Значение N50, выданнное программой - 235. Задание 2 Получившиеся контиги необходимо сравнить с последовательностью хромосомы. Для этого я использовала программу blastn: makeblastdb -in chr21.fasta -dbtype nucl -out chr21base - создала базу blast blastn -query contigs.fa -db chr21base -outfmt 6 -out blast.out - запустила по подготовленной базе blast В результате я получила таблицу с картированиями контигов: таблица1. После этого я получила список контигов, которые единственным обрзом картируются на хромосому, и их перекрытие - таблица2. |